Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTGGTCAGTACATGAGACCATCTAAACGTCATATGCCTGTTTCCGAGTATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgtcttcctggaagttttttgcatcattcaaagtaaaatcaagtattggctttcattagtaggatacatagtgtacatggcaaagcttaattt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g38330.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g38330.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G071714_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
ATTTGGTCAGTACATGAGACCATCTAAACGTCATATGCCTGTTTCCGAGTATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgtcttcctggaagttttttgcatcattcaaagtaaaatcaagtattggctttcattagtaggatacatagtgtacatggcaaagcttaattt---------
|||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||  |||||||||| || |||||| | |  |||| || | |      || ||   |||| ||   ||||| |  ||       || ||  ||   ||   |   | | ||     |   |          
ATTTGGCCAGTACATGAGGCCATCAAAACGTCACATGCCTGTTTCTGAGTATGTTACGCCTGAAGCTTTTGAGAAGTATCGGGCCCTTGGTGTCGAAATGgtatgcctatctttctcgca------tgtata--tcaatgttttatcaa-tcctgatgcctctttgttcgacctatgacgggtaagacagtctctgggtagtatattaa

upper sequence: LOC_Os04g38330.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv00s0445g00020.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
ATTTGGTCAGTACATGAGACCATCTAAACGTCATATGCCTGTTTCCGAGTATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacg-tccgtcttcctggaagttttttgcatcattcaaagtaaaatcaagtattggctttcattagtaggatacatagtgtacatggcaaagcttaattt---
 ||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||| || |||||  ||||||| || || |||||||  ||||||   |||||  | || |||||| | |  | |  |        |||| ||| |||  |||     ||   || ||   ||   ||| |    | ||  |||  |||    |  ||||   |   
CTTTGGTCAGTATATGAGACCGTCAAAGCGTCATATGCCTGTGTCTGAGTACATTACTCCTGAGGCTTTTGAGAAATATCGAATACTTGGCATGGATATGgtatgctttgacccctcatttacttttggca-catgtaaaacctcatt--gttttatgttctctta-tgtattccagtgtgaccatacatatccttatgattat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86502495|gb|CI145128.1|CI145128
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|86493243|gb|CI135876.1|CI135876
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|88225406|gb|CI225322.1|CI225322
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|86255467|gb|CI065144.1|CI065144
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|87011517|gb|CI279426.1|CI279426
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|87015191|gb|CI275381.1|CI275381
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|87006914|gb|CI275222.1|CI275222
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|87020066|gb|CI277798.1|CI277798
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|88201881|gb|CI202236.1|CI202236
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|87027872|gb|CI276228.1|CI276228
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|89169625|gb|CI109984.1|CI109984
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|88356428|gb|CI652865.1|CI652865
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|86504068|gb|CI146701.1|CI146701
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|86503428|gb|CI146061.1|CI146061
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|86495027|gb|CI137660.1|CI137660
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|86500275|gb|CI142908.1|CI142908
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|89198413|gb|CI007473.1|CI007473
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|86501493|gb|CI144126.1|CI144126
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|88223491|gb|CI223340.1|CI223340
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|29637832|gb|CB642841.1|CB642841
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|86501372|gb|CI144005.1|CI144005
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|89180101|gb|CI044380.1|CI044380
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|88216359|gb|CI216208.1|CI216208
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|88218708|gb|CI218557.1|CI218557
EST:     TGTTACTCCTCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: TGTTACTCC-CGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|88528760|gb|CI457023.1|CI457023
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|86514136|gb|CI156769.1|CI156769
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCAGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|88224149|gb|CI223998.1|CI223998
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|88223523|gb|CI223372.1|CI223372
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCG
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGC-
EST: gi|86492767|gb|CI135400.1|CI135400
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|88982427|gb|CI027922.1|CI027922
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|88489331|gb|CI426603.1|CI426603
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|86499688|gb|CI142321.1|CI142321
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|88224546|gb|CI222726.1|CI222726
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|86500855|gb|CI143488.1|CI143488
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|88250066|gb|CI249915.1|CI249915
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTGTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|86492783|gb|CI135416.1|CI135416
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|88965280|gb|CI009316.1|CI009316
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|86494773|gb|CI137406.1|CI137406
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|86499868|gb|CI142501.1|CI142501
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|86498694|gb|CI141327.1|CI141327
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|66920768|gb|CX107616.1|CX107616
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
EST: gi|86492912|gb|CI135545.1|CI135545
EST:     ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGAAATG                         GGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT
genomic: ATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 66 (upstream exon), 57 (downstream exon)
Score: 11

ATTTGGTCAGTACATGAGACCATCTAAACGTCATATGCCTGTTTCCGAGTATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgt ... tgaataacagGGCTTCCGTTATGTGGCTTCGGGCCCAATGGTTCGATCTTCCTACAAAGCTGGTGAGTTCTACATAAAAGCCATGATTGAAGCTGACAGAGCAAAAGCTA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATTTGGTCAGTACATGAGACCATCTAAACGTCATATGCCTGTTTCCGAGTATGTTACTCCCGAAGCCTTTGAGAGGTATCGATCCCTTGGTGTTGACATGgtacgtccgtcttcctggaagttttttgcatcattcaaagtaaaatcaagtattggctttcattagtaggatacatagtgtacatggcaaagcttaattt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG