1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
TCCGAAAGATGATGGGACTTTAGCATCTTATGTTGGGTTTAGGGTCCAACACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaatttttgttgattggttgatgtgttcttcataatactagcaatcagcattgattcttgctatgcttttgctacactaaaatggtccttcagcat...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g58040.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|86904378|gb|CI308588.1|CI308588
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|88359789|gb|CI622479.1|CI622479
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTEST: gi|29679310|gb|CB675585.1|CB675585
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACT
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|88352374|gb|CI615628.1|CI615628
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATAC-ACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGEST: gi|88314615|gb|CI606683.1|CI606683
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACC-CCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|88764543|gb|CI773661.1|CI773661
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACEST: gi|58609006|gb|CK037039.1|CK037039
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCAC
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|58686901|gb|CK075588.1|CK075588
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|88453274|gb|CI565716.1|CI565716
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|66915471|gb|CX102319.1|CX102319
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATC--ATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|88405772|gb|CI609671.1|CI609671
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAAATAATGACATGGAAGACGEST: gi|88428743|gb|CI599459.1|CI599459
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|88364791|gb|CI614409.1|CI614409
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|88355078|gb|CI615347.1|CI615347
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|88740721|gb|CI764229.1|CI764229
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTEST: gi|88362637|gb|CI608786.1|CI608786
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGT
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATEST: gi|88377000|gb|CI597784.1|CI597784
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAAT
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|88351099|gb|CI623321.1|CI623321
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACEST: gi|88763819|gb|CI773235.1|CI773235
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAAC
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGEST: gi|58607484|gb|CK035517.1|CK035517
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACAEST: gi|29673988|gb|CB670263.1|CB670263
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACA
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|163920153|gb|EG712059.1|EG712059
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|29674431|gb|CB670706.1|CB670706
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|33658195|gb|CF280809.1|CF280809
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAEST: gi|88390621|gb|CI609246.1|CI609246
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGA
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|88391115|gb|CI593023.1|CI593023
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATC-TGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|88364580|gb|CI612395.1|CI612395
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|88359878|gb|CI617789.1|CI617789
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATAC-ACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCA-AACTAATGAGATGGAAGACGEST: gi|88763881|gb|CI773297.1|CI773297
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGEST: gi|88357487|gb|CI623541.1|CI623541
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACEST: gi|88370806|gb|CI592572.1|CI592572
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCAC
EST: ACGACAATGCTAGGGGAC-TATGAAGGGTGGAATCAGATAC-ACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACAEST: gi|88404005|gb|CI601415.1|CI601415
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACA
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATC-TGATGAGGT-AATGCGTTGGCAEST: gi|88316149|gb|CI620427.1|CI620427
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCA
EST: CGACAATGCCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCGTGATGAGGTCAACTGCGGTTGGCACAACCTAATGACATGGAAEST: gi|58657687|gb|CK046367.1|CK046367
genomic: CGACAATGC-TAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCC-TGATGAGGTCAA-TGCG-TTGGCACAAC-TAATGACATGGAA
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACGEST: gi|33675066|gb|CF303305.1|CF303305
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
EST: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG GTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
genomic: ACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaattt ... tattattcagGTTGATCCTGATGAGGTCAATGCGTTGGCACAACTAATGACATGGAAGACG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCCGAAAGATGATGGGACTTTAGCATCTTATGTTGGGTTTAGGGTCCAACACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaatttttgttgattggttgatgtgttcttcataatactagcaatcagcattgattcttgctatgcttttgctacactaaaatggtccttcagcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA