Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttactacttcattcttgtgcccccttaactgttttccttattttccacctcatgattagaatgcggtttagcgataccacgttcaagtttctcgcattagctgattggttactctgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g53150.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g53150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G077356_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
--GGAACAATA-TGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGT---TACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttactacttcattcttgtgcccccttaactgttttccttattttccacctcatgattagaatgcggtttagcgataccacgttcaagtttctcgcattagctgattggtta--ctctgcag
  || | | |  |  ||  ||     |   |||||| |||    || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||| ||||||||    || | |||| | |  || |   ||| |||| | |||| |   | ||||||||| |     |  || |         ||  || | |||| || |||||||   |   | ||||||
AGGGGAGATTGGTTGATCCGGCCGGCGATGCTGATGATGTGGTCACTACTTACGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTGGTCGGCGACGTCCCGTGGGAgtatgtt----ctccgttctagcgtgccatcgtctgctttcgt-atttactgacccatgattaggac----tccagtg---------tcttgtatgtcgcctt-gctgattttctggtccctgcag

upper sequence: LOC_Os03g53150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G159285_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
-----GGAACAATA-TGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttactacttcattcttgtgcccccttaactgttttccttattttccacctcatgattagaatgcggtttagcgataccacgttcaagtttctcgcattagctgattggttactctgcag
     |||| | || |  ||  ||| |  ||  ||||||  || || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||    || |||||| |||  || | | ||    |                 |||| ||      ||| ||      ||  |||   | |   || || | |||||| |  | ||||||
ATGAGGGAAAACTAGTTGATCCGGTCAGCGGTGCTGATGTGGTCACTACTTACGAAGACAAGGATGGCGACTGGATGCTCGTTGGCGACGTCCCGTGGGAgtatgtt----ctgcattctagtgtgccatcatctaggatt----------------tgatcaggcaaatgttcag--gcttcagcttcttatatgctgcctt-gttgattgttgtccctgcag

upper sequence: LOC_Os03g53150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA20G35270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
---GGAACAAT---ATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttactacttcattcttgtgcccccttaactgttttccttattttccacctcatgattagaatgcggtttagcgataccacgttcaagtttctcgcattagctgattggttactctgcag
    || |||    ||| ||    | ||  |||||||   |||  |||  |||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| ||| |||| |||    |||||| |     |  |||   |||    | |||| | | |     |  |    |   | ||||   || |||  |     |||  |  |||   | ||              
ATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTTAACAGCTCTGAGTATGTGCCAAGCTATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagtt----cttcatccaacaacaacct---ctgcagccattatatacaataatttcctacatacttgatttatacat-ccatat----attttacaaattcagtaatct------------

upper sequence: LOC_Os03g53150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA19G34380.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
---GGAACAATATGAATGAGGT---GAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttactacttcattcttgtgcccccttaactgttttccttattttccacctcatgattagaatgcggtttagcgataccacgttcaagtttctcgcattagctgattggttactctgcag
    || |||  |||||||  |   |||  ||||||||  |||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||| ||      ||||    |   |  | | |         || |   || |  |    |  | |||     || || |||    |   |||  | |  ||   ||| |               
ATGAGAGCAAGCTGAATGATCTCTTGAACAGCTCTGATTATGTCCCAACCTATGAGGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTCGGTGATGTCCCATGGGAgtaagtc----tttcaactctactctacatca---------ctcaaaatcaatttggccacgataattgaactttgcaatatggggg--aagactttaacacatgcttaacaaag---------

upper sequence: LOC_Os03g53150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA03G40760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
---GGAACAATATGAATGAGGTG---AATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttactact-tcattcttgtgcccccttaactgttttccttattttccacctcatgattagaatgcggtttagcgataccacgttcaagtttctcgcattagctgattggttactctgcag
    || |||  ||| |||  |    || |||||||||   ||  |||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| || || |||||| |||| ||    ||  | |||  | |   | |  | |    | | | ||| |      |||   | || |     |||   ||       |  | |||| |                          
ACGAGAGCAAATTGATTGATCTTCTCAACGGCTCTGATTACGTACCAACCTATGAAGACAAAGATGCTGACTGGATGCTCGTTGGTGACGTACCGTGGGAgtaagtctggaccattatttctctaagcacaca-ccacatccttaattattaggaccatttctcgattaaacattactaatttggatatataatttcacag------------------------

upper sequence: LOC_Os03g53150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA10G03720.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
---GGAACAAT---ATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttactacttcattcttgtgcccccttaactgttttccttattttccacctcatgattagaatgcggtttagcgataccacgttcaagtttctcgcattagctgattggttactctgcag
    || |||    ||| ||    ||||  |||| ||   |||  | || |||||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||| || ||| ||||  ||  |  ||  | |   ||    |   |  |      |||||||       || ||| ||    |   |||   | | | |   |||  | | | |                       
ATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTGAACAGCTCCGACTATGTCCCGACCTATGAAGACAGGGATGGCGACTGGATGCTTGTCGGTGATGTGCCATGGGAgtaatttttttttttctccacttgatgacccgatcgaaa---ttattttggttgcaataatttgaccttgtaatagt--ttcaatgaaaaagaatatggaacaca-------------------

upper sequence: LOC_Os03g53150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA03G31530.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
---GGAACAATATGAATGAGGT---GAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact-acttcattcttgtgcccccttaactgttttccttattttccacctcatgattagaatgcggtttagcgataccacgttcaagtttctcgcattagctgattggttactctgcag
    || |||  |||||||  |   |||  ||||||||  |||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||| ||   | || ||          |   ||  | |   |  ||    |   |   || ||  | ||    |||| | |||       |||  ||| ||                         
ATGAGAGCAAGCTGAATGATCTTTTGAACAGCTCTGATTATGTCCCAACCTATGAGGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTCGGTGATGTCCCATGGGAgtaagtctttcacctctactcaaaatcaatttggccgcgataattgaactttgcaatattatggggataaactttaac-atatgtttaccaaacttcacgt------------------------

upper sequence: LOC_Os03g53150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA10G32340.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
---GGAACAAT---ATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttactacttcattcttgtgcccccttaactgttttccttattttccacct-catgattagaatgcggtttagcgataccacgttcaagtttctcgcattagctgattggttactctgcag
    || |||    ||| ||    | ||  |||||||   |||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| ||| |||| |||  |  | ||        || |   | || || |    | |     | | |||   ||   |     |     |       | ||  | | |  |                        
ATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTTAACAGCTCTGAGTATGTGCCAACCTATGAAGATAAGGATGGTGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTCCCATGGGAgtaagttcttcatccaacaaca-acctctgcagctattatatacaataatttcttacatatatactttatatatacataactatgtatccatatattttac------------------------

upper sequence: LOC_Os03g53150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT3G23050.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
---GGAACAAT---ATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttactacttcattcttgtgcccccttaactgttttccttattttccacctcat-gattagaatgc---ggtttagcgataccacgttcaagtttctcgcattagctgattggttactctgcag
    || |||    ||||||  | ||||| |||||||   |||  |||  || || ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||  || |  | || ||  ||       |||   | | |  |||||       ||| |  |  | | | |      || |      ||    |||   | |                           
ACGAGAGCAAGCTAATGAATCTGCTGAATAGCTCTGAGTATGTGCCAAGCTACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGCGATGTCCCATGGGAgtgagtcaa-atttaatcgtttcatatacttttttttataacttataacttgactcgttaaccacatttcccgaaattggtagagacaaagccaaagatat---------------------------

upper sequence: LOC_Os03g53150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT4G14550.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
------GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttactacttcattcttgtgccccct-taactgttttccttattttccacctcatgattagaatgcggtttagcgataccacgttcaagtttctcgcattagctgattggttactctgcag
      | ||    ||| ||  | ||||  | |||||   |||| |||  || || ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||  ||| |  | |  ||||||    |  | | |         ||||| || |    |  |  | |||    | ||  |        || |  || ||                           
ACGAGAGTAAAGTGATGGATCTGTTGAACAGTTCTGAGTATGTTCCAAGCTACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGTGATGTCCCCTGGCCgtgagtttcctcattcttcttgctttcattattatgaccaaaattattctctaaacaaaaaaaacaatattctctaaagcattattattgatattactta-------------------------

upper sequence: LOC_Os03g53150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT3G04730.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
---GGAACAATATGAATGAGGT---GAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttactacttcattcttgtgcccccttaactgttttccttattttccacctcatgattagaatgcggtttagcgataccacgttcaagtttctcgcattagctgattggttactctgcag
    ||  ||  |||  ||  |    || || || |||  |||| |||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||| |||  || | |  |  ||  ||         ||    || |  ||||          ||    | |||    ||||   | |    |||     |  |    ||||                   
ATGAGAGTAAATTGATCGATCTTCTAAACGGATCAGATTATGTTCCAACATATGAAGATAAAGATGGCGACTGGATGCTTGTAGGAGACGTACCGTGGGAgtgagt-atttttatatctttaaatttatatatgaattattattataaatacgtctata--caaaata---tttatttacatgttgtttggactatt----ttag-------------------

upper sequence: LOC_Os03g53150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv07s0141g00290.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
---GGAACAAT---ATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttactacttcattcttgtgcccccttaactgttttccttattttccacctcatgattagaatgcggtttagcgataccacgttcaagtttctcgcattagctgattggttactctgcag
    || |||    ||| ||    ||||||| | ||||  |||| |||| || |||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||| |||| |||     | ||  | || |            |   |   | | |  |  | | |   | ||   | ||| |  |||   |    || |   |  || |                     
ATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTTTGAATGGTTTTGATCATGTTCCAACATACGAAGACAAAGATGGGGATTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCATGGGAgtaagttc---ttccaaccatgagttttggcttaaatcaccaaaaatatatatattaggcagaaaaatagtttttgaaataattctaaaaaatgattatcaat---------------------

upper sequence: LOC_Os03g53150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv14s0081g00010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
---GGAACAATATGAATGAGGT---GAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttactac-ttcattcttgtgcccc--cttaactgttttccttattttccacctcatgattag--aatgcggtttagcgataccacgttcaagtttctcgcattagctgattggttactctgcag
    || |||  |||  ||  |   ||| || || |||   ||  | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || || ||| |||| ||||| || ||      | |   ||   |||| |  ||||      || || |   | ||      ||     | |   || |  | ||  | |||   | || ||                   
ATGAGAGCAAATTGATCGATCTTTTGAACGGTTCCGATTACGTGCCTACTTATGAAGACAAAGATGGAGACTGGATGCTTGTTGGAGACGTGCCATGGGAgtaagttacaacatttgacaatattttccaatttaaattgtttcaaaggcttacatcaattaatccatagattttactaattaatccttctttggaattt---gaatcag-------------------

upper sequence: LOC_Os03g53150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv05s0020g04690.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
---GGAACAAT---ATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttactacttcattcttgtgcccccttaactgttttccttattttccacctcatgattagaatgcggtttagcgataccacgttcaagtttctcgcattagctgattggttactctgcag
    || |||    ||| ||    ||||  |||||||   |||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| || ||| ||||||||  |  ||   ||| |   |||    ||     ||  ||    | |       | || |||  |    || ||  | ||      || |    |||  | |                 
ATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTTTGAACAGCTCTGAATATGTTCCAACCTATGAAGATAAGGATGGAGACTGGATGCTCGTGGGTGATGTTCCATGGGAgtatgttcttgattt-ctctagaaaccctaacacgaaaatcaataaaa-ctagtcagaaactaaaataag--ccagtgagccaac---tgggtctaatacatggggt-----------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15008806|gb|AU223194.1|AU223194
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|88257684|gb|CI360270.1|CI360270
EST:     GACTGGATGC-TGTTTGGAGATGTCCCTTGGCA                         CATGGTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: GACTGGATGCTTG-TTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|10931327|gb|AU161601.1|AU161601
EST:     TGAAGANCAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCCATGAAGGGTTCCGAA
genomic: TGAAGA-CAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGT-CCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGAT-CATGAAGGGTTCCGAA
EST: gi|27547092|gb|CA765289.2|CA765289
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|87032502|gb|CI266142.1|CI266142
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|88984831|gb|CI011778.1|CI011778
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|86595238|gb|CI262476.1|CI262476
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|8860135|gb|AU097453.1|AU097453
EST:     ATGAAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: ATG-AAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|88241744|gb|CI241593.1|CI241593
EST:     GATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: GATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|15008560|gb|AU222948.1|AU222948
EST:     GATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: GATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|87013733|gb|CI269232.1|CI269232
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCATACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|58686964|gb|CK075651.1|CK075651
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|87033715|gb|CI188339.1|CI188339
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|8856221|gb|AU093539.1|AU093539
EST:     TGAAGACAAGGATGGTGNACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCCATGAAGGGTTCCGAA
genomic: TGAAGACAAGGATGGTG-ACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGG-CAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGAT-CATGAAGGGTTCCGAA
EST: gi|87013621|gb|CI269120.1|CI269120
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|87018381|gb|CI265673.1|CI265673
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|15008626|gb|AU223014.1|AU223014
EST:     TATGAAGNCAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|88536598|gb|CI465331.1|CI465331
EST:     TATGAAGNCAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|15008730|gb|AU223118.1|AU223118
EST:     GGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: GGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|86887893|gb|CI298004.1|CI298004
EST:     TGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|14575028|gb|AU197507.1|AU197507
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|8856770|gb|AU094088.1|AU094088
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|58679632|gb|CK068319.1|CK068319
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|15008562|gb|AU222950.1|AU222950
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|88203351|gb|CI203200.1|CI203200
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|13806054|gb|AU181326.1|AU181326
EST:     TGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|18387131|gb|BM420329.1|BM420329
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|88456767|gb|CI544704.1|CI544704
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|86861901|gb|CI329599.1|CI329599
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCCTGCCA                         GATGTTTTTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|86602330|gb|CI262799.1|CI262799
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|14192097|gb|AU184308.1|AU184308
EST:     GTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: GTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|87018941|gb|CI256826.1|CI256826
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|88242474|gb|CI242323.1|CI242323
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|86509809|gb|CI152442.1|CI152442
EST:     TGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|15008774|gb|AU223162.1|AU223162
EST:     ATGCTTGTTGNANATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: ATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|89165716|gb|CI102806.1|CI102806
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|10794852|gb|AU108818.1|AU108818
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGNCTGGATGCTTNTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|87034577|gb|CI189201.1|CI189201
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
EST: gi|58596036|gb|CK006564.1|CK006564
EST:     TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA                         GATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC
genomic: TATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttact ... tactctgcagGATGTTTGTCGAGTCATGCAAACGCTTGAGGATCATGAAGGGTTCCGAAGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCAgtatgttactacttcattcttgtgcccccttaactgttttccttattttccacctcatgattagaatgcggtttagcgataccacgttcaagtttctcgcattagctgattggttactctgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG