1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GGGCACTGAAACTATTGATGTTACTGATGCAGTAGGTTCAAACATTAGAGTTGACAGCAGAGGTCCTGAAGTTATGCGTATCGTTCCACGTCTCAATGAGgttcgcttattgtccacttctgttgtaaatttgacttattctatgatttttgctggtaatgatctacattaggatcatcggatcatttggttgtggtcat...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g50540.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGACAGCAGAGGTCCTGAAGTTATGCGTATCGTTCCACGTCTCAATGAG GATATCAATGAGGAATGGATATCTGACAAAACACGGTTTTGTTATGATGGTEST: gi|33677788|gb|CF306027.1|CF306027
genomic: TTGACAGCAGAGGTCCTGAAGTTATGCGTATCGTTCCACGTCTCAATGAGgttcgcttat ... atacttgcagGATATCAATGAGGAATGGATATCTGACAAAACACGGTTTTGTTATGATGGT
EST: TGACAGCAGAGGTCCTGAAGTT-GGCTTAAT-GTTCCACGTCTCAATGAG GATATCAATGAGGAATGTTTATTTGACAAAACACGGTTTTGTTATGATGGTEST: gi|33675255|gb|CF303494.1|CF303494
genomic: TGACAGCAGAGGTCCTGAAGTTATGCGT-ATCGTTCCACGTCTCAATGAGgttcgcttat ... atacttgcagGATATCAATGAGGAATGGATATCTGACAAAACACGGTTTTGTTATGATGGT
EST: GTTCCACGTCTCAATGAG GATATCAATGAGGAATGGATATCTGACAAAACACGGTTTTGTTATGATGGTEST: gi|58606090|gb|CK034123.1|CK034123
genomic: GTTCCACGTCTCAATGAGgttcgcttat ... atacttgcagGATATCAATGAGGAATGGATATCTGACAAAACACGGTTTTGTTATGATGGT
EST: TGACAGCAGAGGTCCGTGAAGTTATGCGTATCGTTCCACGTCTCAATGAG GATATCAATGAGGAATGGATATCTGACAAAACACGGTTTTGTTATGATGGTEST: gi|29633070|gb|CB638079.1|CB638079
genomic: TGACAGCAGAGGTCC-TGAAGTTATGCGTATCGTTCCACGTCTCAATGAGgttcgcttat ... atacttgcagGATATCAATGAGGAATGGATATCTGACAAAACACGGTTTTGTTATGATGGT
EST: TTGACAGCAGAGGTCCTGAAGTTATGCGTATCGTTCCACGTCTCAATGAG GATATCAATGAGGAATGGATATCTGACAAAACACGGTTTTGTTATGATGGTEST: gi|29628500|gb|CB633511.1|CB633511
genomic: TTGACAGCAGAGGTCCTGAAGTTATGCGTATCGTTCCACGTCTCAATGAGgttcgcttat ... atacttgcagGATATCAATGAGGAATGGATATCTGACAAAACACGGTTTTGTTATGATGGT
EST: TTGACAGCAGAGGTCCTGAAGTTATGCGTATCGTTCCACGTCTCAATGAA GATATCAATGAGGAATGGATATCTGEST: gi|58612327|gb|CK040039.1|CK040039
genomic: TTGACAGCAGAGGTCCTGAAGTTATGCGTATCGTTCCACGTCTCAATGAGgttcgcttat ... atacttgcagGATATCAATGAGGAATGGATATCTG
EST: GTCTCAATGAG GATATCAATGAGGAATGGATATCTGACAAAACACGGTTTTGTTATGATGGT
genomic: GTCTCAATGAGgttcgcttat ... atacttgcagGATATCAATGAGGAATGGATATCTGACAAAACACGGTTTTGTTATGATGGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGGCACTGAAACTATTGATGTTACTGATGCAGTAGGTTCAAACATTAGAGTTGACAGCAGAGGTCCTGAAGTTATGCGTATCGTTCCACGTCTCAATGAGgttcgcttattgtccacttctgttgtaaatttgacttattctatgatttttgctggtaatgatctacattaggatcatcggatcatttggttgtggtcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG