Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCTGCCAAGGACATCAAGTTTGGTGTCGAGGCCCGGGCCTTGATGTTGAGGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactctggtcctgtcttcgagcaggtttgatttcatggtttgagagtctgattgcagtggagattgtgcatgtataattgatattaggtttgggc...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g04970.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g04970.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA20G33910.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
TGCTGCCAAGGACATCAAGTTTGGTGTCGAGGCCCGGGCCTTGATGTTGAGGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgta--taaact-----ctggtcctgtcttcgagcaggtt------------tgatttcatggtttgagagtctgattgcagtggagattgtgcatgtataattgatattaggtttgggc---------------------------------------------------------------------
||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||  ||||| | | |||||| || ||| | |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||   || ||     ||| |  | |||| |   | |||            | |||  ||  |||     |  | ||    |   | | | |||||| |  | ||| |  | ||                                                                          
TGCGGCCAAAGACATTAAGTTTGGTGTGGAGGCTCGGGCTCTGATGCTTAAGGGTGTCGAAGAGCTCGCTGATGCCGTTAAAGTAACAATGGGCCCTAAGgtaaccaagcttatgcctgatagtttcttggcaaaagttgtacctgtgtttttattcaatcatttatttattcggtt-ttctaagggtagagcatgtcttttggatctaggattgatatttcaatcctagtcccggcattttagttggtgttgatcacgattgttttgttaaacttgtgtttttttag

upper sequence: LOC_Os03g04970.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA10G33680.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
TGCTGCCAAGGACATCAAGTTTGGTGTCGAGGCCCGGGCCTTGATGTTGAGGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactctggtcct-----gtcttcgagcaggtttgatttcatggtttgagagtctgattgcagtggagattgtgcatgtataattgatattaggtttgggc
||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| | | ||||||||| ||| | || ||||| |||||||| || ||||| |||||||||   |  ||| | |      || |     |  |||   | |  | ||   |||      | |||  |    | |  | ||| |  ||   | |   ||     
TGCTGCCAAAGACATTAAGTTTGGTGTGGAGGCCCGGGCTTTGATGCTTAAGGGTGTTGAAGAGCTCGCCGATGCCGTCAAAGTAACCATGGGCCCTAAGgtaaccaagctgatgcctgatagtttcttttcttgttatgtctgctagtgaaagatatctttggcaaagtg--tggcacctgtgtttttatcaatcatttat---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|218499229|gb|FG943570.1|FG943570
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGGCGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|58662224|gb|CK050904.1|CK050904
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGGCGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|88325659|gb|CI648098.1|CI648098
EST:     GGGGTGTNGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAG
EST: gi|88353857|gb|CI634648.1|CI634648
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTACG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTANAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|88405616|gb|CI588822.1|CI588822
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGAAAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|29634585|gb|CB639594.1|CB639594
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|58669928|gb|CK058614.1|CK058614
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGGCGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|88695499|gb|CI737537.1|CI737537
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|88423126|gb|CI613427.1|CI613427
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAACGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAACGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAA
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAA-GCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAA
EST: gi|88341982|gb|CI644319.1|CI644319
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTCGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|2312198|gb|C28353.1|C28353
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTNGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|88338587|gb|CI645841.1|CI645841
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|88727663|gb|CI749465.1|CI749465
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAG
EST: gi|58669467|gb|CK058153.1|CK058153
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGGCGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|58662507|gb|CK051193.1|CK051193
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGGCGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|88324939|gb|CI644950.1|CI644950
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|88326100|gb|CI651154.1|CI651154
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTA
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTA
EST: gi|66914441|gb|CX101289.1|CX101289
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|88302926|gb|CI668772.1|CI668772
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTAC
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTAC
EST: gi|88332488|gb|CI651648.1|CI651648
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|88329101|gb|CI658761.1|CI658761
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|88363061|gb|CI616218.1|CI616218
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|88723094|gb|CI746604.1|CI746604
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|88347815|gb|CI655168.1|CI655168
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAG
EST: gi|88302809|gb|CI668655.1|CI668655
EST:     GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAG                         GGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAG
genomic: GGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 71 (downstream exon)
Score: 36

TGCTGCCAAGGACATCAAGTTTGGTGTCGAGGCCCGGGCCTTGATGTTGAGGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactc ... tatgttgcagGGACGCACTGTTGTTATTGAGCAAAGCTTTGGTGCTCCTAAAGTTACAAAGGATGGAGTTACTGTTGCCAAGAGCATTGAATTCAGTAACAGGGTTAAGA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGCTGCCAAGGACATCAAGTTTGGTGTCGAGGCCCGGGCCTTGATGTTGAGGGGTGTTGAGGAGTTGGCTGATGCGGTCAAAGTGACAATGGGTCCTAAGgtataaactctggtcctgtcttcgagcaggtttgatttcatggtttgagagtctgattgcagtggagattgtgcatgtataattgatattaggtttgggc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT