Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGTGGCTCGGATACTTCCTTCTTGAGTCAGGTGTTGCAAAATCCTACAATGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgctctaatctttcatggaatagttgatgttgtgcttcttgatatgcatgatacacagtgttttaattatctaatgatgtcgtcttgcttgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g03920.4
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g03920.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G127101_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TGGTGGCTCGGATACTTCCTTCTTGAGTCAGGTGTTGCAAAATCCTACAATGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgctctaatctttcatggaatagttgatgt----tgtgcttcttgatatgcatgatacacagtgttttaattatctaatgatgtcgtcttgcttgcag
||||||||| ||| || |||| |||| ||| || |||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||  ||    |  || |||| |||||        |  ||  |  |       ||||||     | | ||   |   |||||  |            
TGGTGGCTCTGATGCTACCTTGTTGACTCAAGTTTTGCAAAACCCAACTATGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgcttgaagtacttgtgaaatatttgataaaaagcatattttcttgtccctgctatacacccgagtctgatacccccttgatgcag------------

upper sequence: LOC_Os03g03920.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G057158_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TGGTGGCTCGGATACTTCCTTCTTGAGTCAGGTGTTGCAAAATCCTACAATGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgctctaa-----tctttcatggaatagttgatgttgtgc----ttcttgatatgcatgatacacagtgttttaattatctaatgatgtcgtcttgcttgcag
||||||||| ||| || ||||||||| ||| || |||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | |||   ||     | | |  || |||| |||||   | ||    ||||||   ||| | || || |  ||| | ||    |  |||||  |            
TGGTGGCTCTGATGCTACCTTCTTGACTCAAGTTTTGCAAAACCCAACTATGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgcctgaaatacttttgttgtgaaatacttgataaagagcatatttcttgtcctgc-ttatgcataaagttctgataccttgttgatgcag------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33675503|gb|CF303742.1|CF303742
EST:     TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATCAAC
genomic: TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgct ... ttgcttgcagCTGCTTAATATCAAC
EST: gi|58663981|gb|CK052667.1|CK052667
EST:     TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         TTTCTTAATATCAACCCAAA
genomic: TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgct ... ttgcttgcagCTGCTTAATATCAACCCAAA
EST: gi|13420872|gb|AU174962.1|AU174962
EST:     TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
genomic: TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgct ... ttgcttgcagCTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG