Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGTGGCTCGGATACTTCCTTCTTGAGTCAGGTGTTGCAAAATCCTACAATGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgctctaatctttcatggaatagttgatgttgtgcttcttgatatgcatgatacacagtgttttaattatctaatgatgtcgtcttgcttgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g03920.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g03920.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G127101_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TGGTGGCTCGGATACTTCCTTCTTGAGTCAGGTGTTGCAAAATCCTACAATGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgctctaatctttcatggaatagttgatgt----tgtgcttcttgatatgcatgatacacagtgttttaattatctaatgatgtcgtcttgcttgcag
||||||||| ||| || |||| |||| ||| || |||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||  ||    |  || |||| |||||        |  ||  |  |       ||||||     | | ||   |   |||||  |            
TGGTGGCTCTGATGCTACCTTGTTGACTCAAGTTTTGCAAAACCCAACTATGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgcttgaagtacttgtgaaatatttgataaaaagcatattttcttgtccctgctatacacccgagtctgatacccccttgatgcag------------

upper sequence: LOC_Os03g03920.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G057158_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TGGTGGCTCGGATACTTCCTTCTTGAGTCAGGTGTTGCAAAATCCTACAATGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgctctaa-----tctttcatggaatagttgatgttgtgc----ttcttgatatgcatgatacacagtgttttaattatctaatgatgtcgtcttgcttgcag
||||||||| ||| || ||||||||| ||| || |||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | |||   ||     | | |  || |||| |||||   | ||    ||||||   ||| | || || |  ||| | ||    |  |||||  |            
TGGTGGCTCTGATGCTACCTTCTTGACTCAAGTTTTGCAAAACCCAACTATGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgcctgaaatacttttgttgtgaaatacttgataaagagcatatttcttgtcctgc-ttatgcataaagttctgataccttgttgatgcag------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29656527|gb|CB652802.1|CB652802
EST:     TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
genomic: TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgct ... ttgcttgcagCTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
EST: gi|58588836|gb|CF987144.1|CF987144
EST:     TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         TTTCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
genomic: TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgct ... ttgcttgcagCTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
EST: gi|29662283|gb|CB658558.1|CB658558
EST:     TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
genomic: TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgct ... ttgcttgcagCTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
EST: gi|33675503|gb|CF303742.1|CF303742
EST:     TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATCAAC
genomic: TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgct ... ttgcttgcagCTGCTTAATATCAAC
EST: gi|58663981|gb|CK052667.1|CK052667
EST:     TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         TTTCTTAATATCAACCCAAA
genomic: TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgct ... ttgcttgcagCTGCTTAATATCAACCCAAA
EST: gi|55436834|gb|CV731581.1|CV731581
EST:     AAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
genomic: AAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgct ... ttgcttgcagCTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
EST: gi|29678486|gb|CB674761.1|CB674761
EST:     TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
genomic: TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgct ... ttgcttgcagCTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
EST: gi|87007168|gb|CI277243.1|CI277243
EST:     GCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
genomic: GCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgct ... ttgcttgcagCTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
EST: gi|218483111|gb|FG965896.1|FG965896
EST:     TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         TTTCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
genomic: TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgct ... ttgcttgcagCTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
EST: gi|29616126|gb|CB621138.1|CB621138
EST:     TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         TTTCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
genomic: TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgct ... ttgcttgcagCTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
EST: gi|163919662|gb|EG711652.1|EG711652
EST:     CAAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
genomic: CAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgct ... ttgcttgcagCTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
EST: gi|29674370|gb|CB670645.1|CB670645
EST:     TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
genomic: TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgct ... ttgcttgcagCTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
EST: gi|13420872|gb|AU174962.1|AU174962
EST:     TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
genomic: TGATGCAAATGATGCAGAACATTATGTCAAATCCTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgct ... ttgcttgcagCTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
EST: gi|86494120|gb|CI136753.1|CI136753
EST:     CTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG
genomic: CTCAGTCCATGAATCAGgttcgttgct ... ttgcttgcagCTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAG