Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCAATGAACAAGCTACTTATGGAAGAGAATGAGCGACTCCAGAAGCAGGTCTCCCAATTGGTTCATGAGAATGCCCACATGCGACAGCAGCTGCAGAATgtaagctcttgatgtgctggtgctgatgttgtcccccatgcataaacatgttctcactgaaatgctatctattctttgtgcattttgttatacgcatggc...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g01890.2
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g01890.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G109987_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
GGCAATGAACAAGCTACTTATGGAAGAGAATGAGCGACTCCAGAAGCAGGTCTCCCAATTGGTTCATGAGAATGCCCACATGCGACAGCAGCTGCAGAATgtaagctcttgatgtgc-tggtgctgatgttgtcccccatgcataaa-catgttctcactgaaatgctatctattctttgtgcattttgttatacgcatggc
||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||   | |||     |  ||    |||||    | |   | ||| |||| | |  || ||| |  || |  |  |   | |||| ||    ||  ||  
GGCAATGAACAAGCTTCTAATGGAAGAGAATGAGCGGCTTCAGAAGCAAGTCTCTCAGTTGGTTCATGAAAACGCGCACATGCGGCAGCAGCTGCAGAATgtaagtcttcgataaatgtactggccttgttgcttacaaaatacaaatcatgctattgctaaaa-gtcatttgctgatgccgtattt-gtaccgcgtctgcg

upper sequence: LOC_Os03g01890.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G042250_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
GGCAATGAACAAGCTACTTATGGAAGAGAATGAGCGACTCCAGAAGCAGGTCTCCCAATTGGTTCATGAGAATGCCCACATGCGACAGCAGCTGCAGAATgtaagctcttgatgtgctggtgctgatgttgtcccccatgcataaacatgttctcactgaaatgctatctattctttgtgcattttgttatacgcatggc--
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |  | |   ||   |||| ||| |      |||      |     | |   |    ||      |      || || |||  |  |   || |   
GGCAATGAACAAGCTTCTTATGGAAGAGAATGAGCGTCTTCAGAAGCAAGTCTCTCAGTTGGTTCATGAAAATGCGCACATGCGGCAGCAGCTGCAGAACgtaagttgcttacaagcca-tgctaatgctaaaagtcatttgctgatgccgtatttgtaccgtgtcggtgaagtggagtccagtttcctgcat-tattgtgt
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29634707|gb|CB639716.1|CB639716
EST:     TCTCCCAATTGGTTCATGAGAATGCCCACATGCGACAGCAGCTGCAGAAT                         ACTCCGCTGGCAAATGATACAAGCTGTGAATCAAATGTGACTACCCCTCAA
genomic: TCTCCCAATTGGTTCATGAGAATGCCCACATGCGACAGCAGCTGCAGAATgtaagctctt ... ttgggtgcagACTCCGCTGGCAAATGATACAAGCTGTGAATCAAATGTGACTACCCCTCAA
EST: gi|29642722|gb|CB647729.1|CB647729
EST:     TCTCCCAATTGGTTCATGAGAATGCCCACATGCGACAGCAGCTGCAGAAT                         ACTCCGCTGGCAAATGATACAAGCTGTGAATCAAATGTGACTACCCCTCAA
genomic: TCTCCCAATTGGTTCATGAGAATGCCCACATGCGACAGCAGCTGCAGAATgtaagctctt ... ttgggtgcagACTCCGCTGGCAAATGATACAAGCTGTGAATCAAATGTGACTACCCCTCAA
EST: gi|58663402|gb|CK052088.1|CK052088
EST:     TCTCCCAATTGGTTCATGAGAATGCTCACATGCGACAGCAGCTGCAGAAT                         ACTCCGCTGGCAAATGATACAAGCTGTGAATCAAATGTGACTACCCCTCAA
genomic: TCTCCCAATTGGTTCATGAGAATGCCCACATGCGACAGCAGCTGCAGAATgtaagctctt ... ttgggtgcagACTCCGCTGGCAAATGATACAAGCTGTGAATCAAATGTGACTACCCCTCAA
EST: gi|29678473|gb|CB674748.1|CB674748
EST:     TCTCCCAATTGGTTCATGAGAATGCCCACATGCGACAGCAGCTGCAGAAT                         ACTCCGCTGGCAAATGATACAAGCTGTGAATCAAATGT
genomic: TCTCCCAATTGGTTCATGAGAATGCCCACATGCGACAGCAGCTGCAGAATgtaagctctt ... ttgggtgcagACTCCGCTGGCAAATGATACAAGCTGTGAATCAAATGT
EST: gi|88205580|gb|CI205429.1|CI205429
EST:     TCTCCCAATTGGTTCATGAGAATGCCCACATGCGACAGCAGCTGCAGAAT                         ACTCCGCTGGCAAATGATACAAGCTGTGAATCAAATGTGACTACCCCTCAA
genomic: TCTCCCAATTGGTTCATGAGAATGCCCACATGCGACAGCAGCTGCAGAATgtaagctctt ... ttgggtgcagACTCCGCTGGCAAATGATACAAGCTGTGAATCAAATGTGACTACCCCTCAA
EST: gi|29678474|gb|CB674749.1|CB674749
EST:     TCTCCCAATTGGTTCATGAGAATGCCCACATGCGACAGCAGCTGCAGAAT                         ACTCCGCTGGCAAATGATACAAGCTGTGAATCAAATGTGACTACCCCTCAA
genomic: TCTCCCAATTGGTTCATGAGAATGCCCACATGCGACAGCAGCTGCAGAATgtaagctctt ... ttgggtgcagACTCCGCTGGCAAATGATACAAGCTGTGAATCAAATGTGACTACCCCTCAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCAATGAACAAGCTACTTATGGAAGAGAATGAGCGACTCCAGAAGCAGGTCTCCCAATTGGTTCATGAGAATGCCCACATGCGACAGCAGCTGCAGAATgtaagctcttgatgtgctggtgctgatgttgtcccccatgcataaacatgttctcactgaaatgctatctattctttgtgcattttgttatacgcatggc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG