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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAAGGAGTATAAGGAGGTGCAGCGAGAAAAGTCAGCTGATCCAGATATCCAGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAGgtggtttttatattgcaacttgcaaggtgatgctagaaacagcaatataagtttttaactaatgccttttctgattgtatatgttgttag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g42314.2
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|300216021|gb|HO088647.1|HO088647
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EST: gi|88333562|gb|CI656634.1|CI656634
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EST: gi|88717712|gb|CI741222.1|CI741222
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
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EST: gi|86905439|gb|CI285402.1|CI285402
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
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EST: gi|2796274|gb|AA749568.1|AA749568
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
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EST: gi|88334413|gb|CI642658.1|CI642658
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
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EST: gi|9865085|gb|AU100835.1|AU100835
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EST: gi|88581898|gb|CI699113.1|CI699113
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EST: gi|88386007|gb|CI570642.1|CI570642
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
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EST: gi|88676847|gb|CI730960.1|CI730960
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EST: gi|88387401|gb|CI582919.1|CI582919
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EST: gi|88595265|gb|CI714086.1|CI714086
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
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EST: gi|55438029|gb|CV732308.1|CV732308
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
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EST: gi|313080048|gb|HO213368.1|HO213368
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCA
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EST: gi|88308370|gb|CI649585.1|CI649585
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
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EST: gi|33655538|gb|CF278152.1|CF278152
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EST: gi|88342554|gb|CI637130.1|CI637130
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
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EST: gi|9865086|gb|AU100836.1|AU100836
EST:     TAATCTGCGATGGATTCAAACCATATTCAAGTGGACTGCTCTTATNCAAG                         GG-CCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTC
genomic: TAATCTGCGAT-GATTCAAA-CATATTCAAGTGGACTGCTCTTAT-CAAGgtggttttta ... atgttgttagGGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTC
EST: gi|88337710|gb|CI632212.1|CI632212
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTCGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
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EST: gi|88729548|gb|CI751351.1|CI751351
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
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EST: gi|87006784|gb|CI285818.1|CI285818
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
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EST: gi|163919981|gb|EG714923.1|EG714923
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
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EST: gi|88730413|gb|CI754026.1|CI754026
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
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EST: gi|88393637|gb|CI619929.1|CI619929
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EST: gi|88348941|gb|CI653985.1|CI653985
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
genomic: AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAGgtggttttta ... atgttgttagGGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
EST: gi|88595236|gb|CI714057.1|CI714057
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
genomic: AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAGgtggttttta ... atgttgttagGGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
EST: gi|88692966|gb|CI736541.1|CI736541
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
genomic: AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAGgtggttttta ... atgttgttagGGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
EST: gi|88760639|gb|CI770195.1|CI770195
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
genomic: AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAGgtggttttta ... atgttgttagGGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
EST: gi|25806709|gb|CA762670.1|CA762670
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
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EST: gi|33823074|gb|CF337340.1|CF337340
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
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EST: gi|88345516|gb|CI629777.1|CI629777
EST:     AGTTAATCTGGGATGATTCAAACATATCCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGAAACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
genomic: AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAGgtggttttta ... atgttgttagGGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
EST: gi|88729270|gb|CI752780.1|CI752780
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCACCTTGCATTCTCT
genomic: AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAGgtggttttta ... atgttgttagGGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
EST: gi|88383885|gb|CI631775.1|CI631775
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
genomic: AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAGgtggttttta ... atgttgttagGGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
EST: gi|86900317|gb|CI296360.1|CI296360
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
genomic: AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAGgtggttttta ... atgttgttagGGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
EST: gi|88592549|gb|CI710658.1|CI710658
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
genomic: AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAGgtggttttta ... atgttgttagGGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
EST: gi|33689647|gb|CF317886.1|CF317886
EST:     AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAG                         GGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT
genomic: AGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAGgtggttttta ... atgttgttagGGCCCTTCGGAGACACCTTTTGAAGGTGGTGTATTTCAACTTGCATTCTCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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TAAGGAGTATAAGGAGGTGCAGCGAGAAAAGTCAGCTGATCCAGATATCCAGTTAATCTGCGATGATTCAAACATATTCAAGTGGACTGCTCTTATCAAGgtggtttttatattgcaacttgcaaggtgatgctagaaacagcaatataagtttttaactaatgccttttctgattgtatatgttgttag

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