Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACAAATTGACACCTTTAAATTCTGAAGAAGAAGCATATGTTGTTTTTAATTCTGAGGATACAACAGTATCATGTTCTTGCAGGATGTATGAGTGCACAGgtatgctaccatattggttatgtttccaaaacgtaaaagtttgattttcttgctataatcggagattgcatgtttttgtag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g10840.2
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|25801291|gb|CA757252.1|CA757252
EST:     TTCTGAGGATACAACAGTATCATGTTCTTGCAGGATGTATGAGTGCACAG                         GTATGCTATGCAAGCACGCGCTGCGAGTCCTTAACTACAGCAATATTTTTA
genomic: TTCTGAGGATACAACAGTATCATGTTCTTGCAGGATGTATGAGTGCACAGgtatgctacc ... gtttttgtagGTATGCTATGCAAGCACGCGCTGCGAGTCCTTAACTACAGCAATATTTTTA
EST: gi|88991162|gb|CI108549.1|CI108549
EST:     TGTATGAGTGCACAG                         GTATGCTATGCAAGCACGCGCTGCGAGTCCTTAACTACAGCAATATTTTGA
genomic: TGTATGAGTGCACAGgtatgctacc ... gtttttgtagGTATGCTATGCAAGCACGCGCTGCGAGTCCTTAACTACAGCAATATTTTTA
EST: gi|88271886|gb|CI387939.1|CI387939
EST:     TCTGAGGATACAACAAGTATCATGTTCTTGCAGGATGTATGAGTGCACAG                         GTATGCTATGCAAGCACGCCCTGCGAGTCCTTAACTACAGCAAATATTTTT
genomic: TCTGAGGATACAAC-AGTATCATGTTCTTGCAGGATGTATGAGTGCACAGgtatgctacc ... gtttttgtagGTATGCTATGCAAGCACGCGCTGCGAGTCCTTAACTACAGC-AATATTTTT
EST: gi|8859154|gb|AU096472.1|AU096472
EST:     TTCTGAGGATACAACAGTATCATGTTCTTGCAGGATGTATGAGTGCACAG                         GTATGCTATGCAAGCACGCGCTGCGAGTCCTTAACTACAGCAATATTTTTA
genomic: TTCTGAGGATACAACAGTATCATGTTCTTGCAGGATGTATGAGTGCACAGgtatgctacc ... gtttttgtagGTATGCTATGCAAGCACGCGCTGCGAGTCCTTAACTACAGCAATATTTTTA
EST: gi|89176096|gb|CI043117.1|CI043117
EST:     TGTATGAGTGCACAG                         GTATGCTATGCAAGCACGCGCTGCGAGTCCTTAACTACAGCAATATTTTTA
genomic: TGTATGAGTGCACAGgtatgctacc ... gtttttgtagGTATGCTATGCAAGCACGCGCTGCGAGTCCTTAACTACAGCAATATTTTTA
EST: gi|27577819|gb|CB000514.1|CB000514
EST:     TTCTGAGGATACAACAGTATCATGTTCTTGCAGGATGTATGAGTGCACAG                         GTATGCTATGCAAGCACGCGCTGCGAGTCCCTTA-CTACAGCAATATTTTT
genomic: TTCTGAGGATACAACAGTATCATGTTCTTGCAGGATGTATGAGTGCACAGgtatgctacc ... gtttttgtagGTATGCTATGCAAGCACGCGCTGCGAGTCC-TTAACTACAGCAATATTTTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TACAAATTGACACCTTTAAATTCTGAAGAAGAAGCATATGTTGTTTTTAATTCTGAGGATACAACAGTATCATGTTCTTGCAGGATGTATGAGTGCACAGgtatgctaccatattggttatgtttccaaaacgtaaaagtttgattttcttgctataatcggagattgcatgtttttgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG