Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTTGTGGTTAAAGTAGAGCCAAATGTGAACGTCATATTGACAGCATGTCTTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaatatgcttcagtttgttttgttatctaccgagccatctgctgggtgctaatgtgataggttgttcacaaaattttctgcatatggctagaataacttgattcctgcatttgttcttatgtag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g02530.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29629871|gb|CB634880.1|CB634880
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCATCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|58590779|gb|CF989087.1|CF989087
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|701074|gb|D47365.1|D47365
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|88350597|gb|CI631320.1|CI631320
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCT                         GAGACAATGTCCA
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCA
EST: gi|701106|gb|D47397.1|D47397
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|701499|gb|D47790.1|D47790
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|88394586|gb|CI605927.1|CI605927
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTAC-GTTCTGTCAAGCCGACTCCACC-TCT                         GAGA-AATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTC
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTC
EST: gi|88298801|gb|CI565998.1|CI565998
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTAC-GTTCTGTCAAGCCGACTC-ACCCTCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|58660337|gb|CK049017.1|CK049017
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|58674882|gb|CK063569.1|CK063569
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|2443050|gb|C74821.1|C74821
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGGTCTGTCAAGCCGACTCCAACCTCT                         GAGANAATGTCCAAGG
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGG
EST: gi|700874|gb|D47165.1|D47165
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCTTGTGGTTAAAGTAGAGCCAAATGTGAACGTCATATTGACAGCATGTCTTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaatatgcttcagtttgttttgttatctaccgagccatctgctgggtgctaatgtgataggttgttcacaaaattttctgcatatggctagaataacttgattcctgcatttgttcttatgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT