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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGGGCAGGGACATGATCGGTATCGCACAAACTGGCTCTGGGAAAACACTATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAGgtttgtttctgttacggaattgatgtacgtgctctctattttaaattgtcaattgaatgaatgcattgtaacgggtgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g68320.4
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g68320.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G362850_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
AAGGGCAGGGACATGATCGGTATCGCACAAACTGGCTCTGGGAAAACACTATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAGgtttgtttc---------tgttacggaattgatgtacgtgctct--ctattttaaattgtcaattgaatgaatgcattgtaacgggtgcag---
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AAGGGTAGGGACCTGATTGGTATCGCTCAAACAGGCTCAGGGAAAACATTATCTTATCTGTTACCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCCCAGCCTCGGCTAGgttggtttcctataaacttgctgtgagctttctgtatgttttctgactgtgtccatttcccttttaatattattcgttattctaattcctgtag

upper sequence: LOC_Os01g68320.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: AC217043.3_FGT002 (Zea mays), 5'ss of exon 5
AAGGGCAGGGACATGATCGGTATCGCACAAACTGGCTCTGGGAAAACACTATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAGgtttgtttc---------tgttacggaattgatgtacgtgctct--ctattttaaattgtcaattga-atgaatg--cattgtaacgggtgcag------
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AAGGGTAGGGACCTGATTGATATCGCTCAAACAGGCTCAGGGAAAACATTATCTTATCTGTTACCTAGGTTGGTTCATGTTGGTGCCCAGCCTCGGCTAGgttggtttcctataaacttgttgtgagctttctgtatgttttctgactgtgtccatttcccttttaatattatttgttattctaattcctgtagaacaag

upper sequence: LOC_Os01g68320.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G324146_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
AAGGGCAGGGACATGATCGGTATCGCACAAACTGGCTCTGGGAAAACACTATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAGgtttgtttctgttacggaattgatgtacgtgctctctattttaa--attgtcaattgaatgaatgcattgtaacgggtgcag
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AAGGGTAGGGACCTGATATGTATCGCTCAAATAGGCTCAGGGAAAACACTATCTTATCTGCTACCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCCCAGCCACAGCTAGgtttgtttcc--tataaacttgctatgagctttctgcattttatgcattgtgattgtaatgcctttag--------------

upper sequence: LOC_Os01g68320.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G059020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
AAGGGCAGGGACATGATCGGTATCGCACAAACTGGCTCTGGGAAAACACTATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAGgtttgtttctgtta--cggaattgatgtacgtgctctctattttaa-----attgtcaattgaatgaatgcattgtaacgggtgcag--
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----ATTATTGCATGCAAGCTATTACCAAATCTGGATTTGTGGAGCCAACACCT-ATTCAATCTCAAGGTTGGCCTACGACTTTGAAGGgtagggacctgattggtatcgctcaaacaggctcagggaaaacattatcttatttgttacctagggtggttcatgttggtgcccagcttcggctaggttg

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|66920314|gb|CX107162.1|CX107162
EST:     ATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAG                         AACAAGGTGATGGCCCAATTGTTCTGATCCTTGCTCCTACAAGAGAACTGG
genomic: ATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAGgtttgtttct ... acgggtgcagAACAAGGTGATGGCCCAATTGTTCTGATCCTTGCTCCTACAAGAGAACTGG
EST: gi|33797128|gb|CF324429.1|CF324429
EST:     TTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAG                         AACAAGGTGATGGCCCAATTGTTCTGATCCTTGCTCCTACAAGAGAACTGG
genomic: TTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAGgtttgtttct ... acgggtgcagAACAAGGTGATGGCCCAATTGTTCTGATCCTTGCTCCTACAAGAGAACTGG
EST: gi|33678998|gb|CF307237.1|CF307237
EST:     ATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAG                         AACAAGGTGATGGCCCAATTGTTCTGATCCTTGCTCCTACAAGAGAACTGG
genomic: ATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAGgtttgtttct ... acgggtgcagAACAAGGTGATGGCCCAATTGTTCTGATCCTTGCTCCTACAAGAGAACTGG
EST: gi|33676329|gb|CF304568.1|CF304568
EST:     ATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAG                         AACAAGGTGATGGCCCAATTGTTCTGATCCTTGCTCCTACAAGAGAACTGG
genomic: ATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAGgtttgtttct ... acgggtgcagAACAAGGTGATGGCCCAATTGTTCTGATCCTTGCTCCTACAAGAGAACTGG
EST: gi|33801394|gb|CF326568.1|CF326568
EST:     ATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAG                         AACAAGGTGATGGCCCAATTGTTCTGATCCTTGCTCCTACAAGAGAACTGG
genomic: ATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAGgtttgtttct ... acgggtgcagAACAAGGTGATGGCCCAATTGTTCTGATCCTTGCTCCTACAAGAGAACTGG
EST: gi|29661777|gb|CB658052.1|CB658052
EST:     ATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAG                         AACAAGGTGATGGCCCAATTGTTCTGATCCTTGCTCCTACAAGAGAACTGG
genomic: ATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAGgtttgtttct ... acgggtgcagAACAAGGTGATGGCCCAATTGTTCTGATCCTTGCTCCTACAAGAGAACTGG
EST: gi|29678103|gb|CB674378.1|CB674378
EST:     ATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAG                         AACAAGGTGATGGCCCAATTGTTCTGATCCTTGCTCCTACAAGAGAACTGG
genomic: ATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAGgtttgtttct ... acgggtgcagAACAAGGTGATGGCCCAATTGTTCTGATCCTTGCTCCTACAAGAGAACTGG
EST: gi|29669296|gb|CB665571.1|CB665571
EST:     ATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAG                         AACAAGGTGATGGCCCAATTGTTCTGATCCTTGCTCCTACAAGAGAACTGG
genomic: ATCTTACCTTCTCCCTGGGTTGGTTCATGTTGGTGCACAGCCTCGACTAGgtttgtttct ... acgggtgcagAACAAGGTGATGGCCCAATTGTTCTGATCCTTGCTCCTACAAGAGAACTGG