1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
AAACCTTATCAATGAAAGGTTTGACGCTAAATTGCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAGgtatgtatgagtgatacggttttgagtatttttttgtctaaatcttacaattgtacgagaaatggaactgattttacttgatatatgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g43030.2 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAG AATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGAEST: gi|88304950|gb|CI671208.1|CI671208
genomic: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAGgtatgtatga ... atatatgcagAATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGA
EST: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAG AATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGAEST: gi|88313578|gb|CI671703.1|CI671703
genomic: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAGgtatgtatga ... atatatgcagAATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGA
EST: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAG AATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGAEST: gi|88729096|gb|CI752606.1|CI752606
genomic: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAGgtatgtatga ... atatatgcagAATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGA
EST: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAG AATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGAEST: gi|88728684|gb|CI752194.1|CI752194
genomic: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAGgtatgtatga ... atatatgcagAATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGA
EST: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAG AATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGAEST: gi|88369611|gb|CI582806.1|CI582806
genomic: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAGgtatgtatga ... atatatgcagAATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGA
EST: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAG AATGACCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGAEST: gi|88577420|gb|CI674006.1|CI674006
genomic: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAGgtatgtatga ... atatatgcagAATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGA
EST: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAG AATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGAEST: gi|88696007|gb|CI739582.1|CI739582
genomic: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAGgtatgtatga ... atatatgcagAATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGA
EST: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAA AATGATCTGGAAAATTCATGTGTGCGGGCTTGTCTATGGCTTGCTTTATCGEST: gi|88587117|gb|CI704845.1|CI704845
genomic: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAGgtatgtatga ... atatatgcagAATGATCTG-AAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCG
EST: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGCGGATTGAAG AATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGAEST: gi|58664912|gb|CK053598.1|CK053598
genomic: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAGgtatgtatga ... atatatgcagAATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGA
EST: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAG AATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGAEST: gi|88393900|gb|CI684164.1|CI684164
genomic: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAGgtatgtatga ... atatatgcagAATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGA
EST: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAG AATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGA
genomic: GCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAGgtatgtatga ... atatatgcagAATGATCTGAAGAGTCATGTGTGCTGGCATGTCTATGGCTTGCTTTATCGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAACCTTATCAATGAAAGGTTTGACGCTAAATTGCATGGATCGGAAATCTGAAGCATATGAACTTGTTCGCCGTGGATTGAAGgtatgtatgagtgatacggttttgagtatttttttgtctaaatcttacaattgtacgagaaatggaactgattttacttgatatatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG