1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
ATCCATGGCTGCTGTTGCCTACAATGGGAAACCAAGAACTCCTGATGTAGTTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAGgtaatatgcctttattgtgccagttgtatgttggatgtatggtatacatggtggagttactaatgacgtgaataaatgccagacactctggctgctcttt...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g34480.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAG CAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTAGCAGAGGAGGCTGCTTGGAAGTTTEST: gi|29640618|gb|CB645627.1|CB645627
genomic: TTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAGgtaatatgcc ... tctgcttcagCAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTAGCAGAGGAGGCTGCTTGGAAGTTT
EST: TTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAG CAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTAGCAGAGGAGGCTGCTTGGAAGTTTEST: gi|44671842|gb|CR285276.1|CR285276
genomic: TTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAGgtaatatgcc ... tctgcttcagCAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTAGCAGAGGAGGCTGCTTGGAAGTTT
EST: TTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAG CAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTAGCAGAGGAGGCTGCTTGGAAGTTTEST: gi|29616459|gb|CB621471.1|CB621471
genomic: TTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAGgtaatatgcc ... tctgcttcagCAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTAGCAGAGGAGGCTGCTTGGAAGTTT
EST: TTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAG CAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTAGCAGAGGAGGCTGCTTGGAAGTTTEST: gi|218497240|gb|FG957726.1|FG957726
genomic: TTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAGgtaatatgcc ... tctgcttcagCAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTAGCAGAGGAGGCTGCTTGGAAGTTT
EST: TTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAG CAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTAGCAGAGGAGGCTGCTTGGAAGTTTEST: gi|117221000|gb|CT845506.1|CT845506
genomic: TTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAGgtaatatgcc ... tctgcttcagCAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTAGCAGAGGAGGCTGCTTGGAAGTTT
EST: TTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAG CAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTAGCAGAGGAGGCTGCTTGGAAGTTTEST: gi|11026105|gb|AU162706.1|AU162706
genomic: TTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAGgtaatatgcc ... tctgcttcagCAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTAGCAGAGGAGGCTGCTTGGAAGTTT
EST: TTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAG CAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTAACAGAGGAGGCTGCTTGGAAGTTTEST: gi|2312785|gb|C28940.1|C28940
genomic: TTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAGgtaatatgcc ... tctgcttcagCAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTAGCAGAGGAGGCTGCTTGGAAGTTT
EST: TTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAG CAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTAGCAGAGGAGGCTGCTTGGAAGTTTEST: gi|84117052|gb|CD150819.1|CD150819
genomic: TTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAGgtaatatgcc ... tctgcttcagCAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTAGCAGAGGAGGCTGCTTGGAAGTTT
EST: TTGTTGATGAGACATGGGGTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAG CAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTATCAGAGGAGGCTGCTTGGAA
genomic: TTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAGgtaatatgcc ... tctgcttcagCAATGGTATGTTCTGTCCAAGACCCTAGCAGAGGAGGCTGCTTGGAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATCCATGGCTGCTGTTGCCTACAATGGGAAACCAAGAACTCCTGATGTAGTTGTTGATGAGACATGGTTTTCAGTTCCAGAGATTTGTGAAAAGCATCAGgtaatatgcctttattgtgccagttgtatgttggatgtatggtatacatggtggagttactaatgacgtgaataaatgccagacactctggctgctcttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggtggag