1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
TTTGTTGTGCCTAAGTAACACCTCTTTTGCTATGGATAGATGAATCGGAAGCAGCAAGGAAGCATATGTCCTTTGTCGTTTGATTGGCCTCAACACTCAGgtcaacctcaataaggtttttgtctattctcttaatgttaccttgctaattcaagatcttttgattcgtgtgacttggatatgactttgcttag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g28989.5 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCAGCAAGGAAGCATATGTCCTTTGTCGTTTGATTGGCCTCAACACTCAG GTCAATGTGTGAACGACTATTTGGCATTTGGCTGGATTTGGTGGTCAGTGAEST: gi|163928204|gb|EG712532.1|EG712532
genomic: GCAGCAAGGAAGCATATGTCCTTTGTCGTTTGATTGGCCTCAACACTCAGgtcaacctca ... ctttgcttagGTCAATGTGTGAACGACTATTTGGCATTTGGCTGGATTTGGTGGTCAGTGA
EST: TTGTCGTTTGATTGGCCTCAACACTCAG GTCAATGTGTGAACGACTATTTGGCATTTGGCTGGATTTGGTGGTCAGTGAEST: gi|29671852|gb|CB668127.1|CB668127
genomic: TTGTCGTTTGATTGGCCTCAACACTCAGgtcaacctca ... ctttgcttagGTCAATGTGTGAACGACTATTTGGCATTTGGCTGGATTTGGTGGTCAGTGA
EST: GCAGCAAGGAAGCATATGTCCTTTGTCGTTTGATTGGCCTCAACACTCAG GTCAATGTGTGAACGACTATTTGGCATTTGGCTGGATTTGGTGGTCAGTGAEST: gi|33683397|gb|CF311636.1|CF311636
genomic: GCAGCAAGGAAGCATATGTCCTTTGTCGTTTGATTGGCCTCAACACTCAGgtcaacctca ... ctttgcttagGTCAATGTGTGAACGACTATTTGGCATTTGGCTGGATTTGGTGGTCAGTGA
EST: GCAGCAAGGAAGCATATGTCCTTTGTCGTTTGATTGGCCTCAACACTCAG GTCAGTGTGTGAACGACTATTTGGCATTTGGCTGGATTTGGTGGTCAGTGA
genomic: GCAGCAAGGAAGCATATGTCCTTTGTCGTTTGATTGGCCTCAACACTCAGgtcaacctca ... ctttgcttagGTCAATGTGTGAACGACTATTTGGCATTTGGCTGGATTTGGTGGTCAGTGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTTGTTGTGCCTAAGTAACACCTCTTTTGCTATGGATAGATGAATCGGAAGCAGCAAGGAAGCATATGTCCTTTGTCGTTTGATTGGCCTCAACACTCAGgtcaacctcaataaggtttttgtctattctcttaatgttaccttgctaattcaagatcttttgattcgtgtgacttggatatgactttgcttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA