Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTGGTCTCGCTCCTCCTCTTGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgcttactccctcagcctcctataccatgctttgagttgcttccttcaactgctatttgtaggttgaaataagcatttggtgacgtgcaacgagcccctttatcaattgatcaacatctcgtttgcttatgattgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g25189.4
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g25189.6 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G473533_T06 (Zea mays), 5'ss of exon 3
GTTTGGTCTCGCTCCTCCTCTTGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgcttactccctcagcctcctata-ccatgctttgagttgcttccttcaactgctatttgtaggttgaaataagcatttggtgacgtgcaacgagcccctttatcaattgatcaacatctcgtttgcttatgattgcag
||||| |||||||||| ||  ||||||  ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||  ||| |   ||   |   || |  |||  | | | |       |      ||   | |   | |  |     | | |   ||   | ||                                                 
GTTTGCTCTCGCTCCTGCTGCTGCTGGGACTCTCGGCGTTCGGTGTCTACATGGGGTGGATGTCTCCCACGgtgagct--cttgcggtcttgcctctctgtgtccagtcctcgtgccttgcgcactgggtgtgttcttctgctcaactgctgtactaattgtactccagttca--------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88349161|gb|CI678133.1|CI678133
EST:     TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG                         GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: gi|88382930|gb|CI683025.1|CI683025
EST:     TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG                         GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: gi|88381595|gb|CI682259.1|CI682259
EST:     TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG                         GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: gi|95101312|gb|CI693057.1|CI693057
EST:     TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG                         GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: gi|88578322|gb|CI687245.1|CI687245
EST:     TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG                         GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: gi|88321685|gb|CI672826.1|CI672826
EST:     TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG                         GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: gi|88586843|gb|CI704564.1|CI704564
EST:     TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG                         GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: gi|88585134|gb|CI702743.1|CI702743
EST:     TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG                         GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: gi|88392073|gb|CI683901.1|CI683901
EST:     TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG                         GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: gi|88592386|gb|CI710488.1|CI710488
EST:     TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG                         GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: gi|88581855|gb|CI699069.1|CI699069
EST:     TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG                         GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: gi|88338970|gb|CI677787.1|CI677787
EST:     TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG                         GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: gi|88588303|gb|CI706111.1|CI706111
EST:     TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG                         GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: gi|88586051|gb|CI703733.1|CI703733
EST:     TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG                         GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: gi|88467343|gb|CI696721.1|CI696721
EST:     TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG                         GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: gi|88587188|gb|CI704920.1|CI704920
EST:     TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG                         GCTCCTAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagG-TCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGT
EST: gi|88584801|gb|CI702380.1|CI702380
EST:     TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG                         GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTTGGTCTCGCTCCTCCTCTTGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgcttactccctcagcctcctataccatgctttgagttgcttccttcaactgctatttgtaggttgaaataagcatttggtgacgtgcaacgagcccctttatcaattgatcaacatctcgtttgcttatgattgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA