Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAACAGGGACCGCGGGCTATAGGTTTTTTTGGTACCCGTAACATGGGGTTTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcacagagtcttatggtataatagttcttccaatatttgattcatgtactactctaattaatattatttgttggctgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g23680.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g23680.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G081653_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
GCAACAGGGACCGCGGGCTATAGGTTTTTTTGGTACCCGTAACATGGGGTTTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcacagagtcttatggtataatagttcttccaatatt--tgattcatgtactactctaattaatattat--ttgttggctgcag-------------------------------
||| || ||||| || || |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |       | ||  ||  | |||| |   || |   ||||| || | | | | |  || |||||||  ||| |  ||  ||                               
GCAGCAAGGACCTCGTGCAATAGGTTTCTTTGGAACCCGCAACATGGGATTTATGCACCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACAgtaggttcc-----tatgtgccattgtcgttcatatgatctccctgatttatatgccagtgtggttcatattatctttgatccctctagcttgttaataatgtttgtgtataatttgcag

upper sequence: LOC_Os01g23680.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G022090_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
GCAACAGGGACCGCGGGCTATAGGTTTTTTTGGTACCCGTAACATGGGGTTTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcacagagtcttatggtataatagttcttccaatatttgattcatgtactactctaattaatattatttgttggc--tgcag--------------------------------
||| || ||||| || || |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |   ||  | | ||     |  |  ||   |   ||||| || | | | | |  || |||| || |  |  |  |  ||                                
GCAGCAAGGACCTCGTGCAATAGGTTTCTTTGGAACCCGCAACATGGGATTTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTCAGCTATGCTATGGTCATAACAgtatgttcctatgtgctgttgtcatccatatgatc---tccctgatttatatgccagtgtgttttatatgatcttatatccttctagcattgttaataatgtttgtgtataatttgcag

upper sequence: LOC_Os01g23680.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA07G40350.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GCAACAGGGACCGCGGGCTATAGGTTTTTTTGGTACCCGTAACATGGGGTTTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcacaga-gtcttatggtataatagttcttccaatatttgattcatgtactactctaattaatattatttgttggctgcag--------------------------------------------------------------------
 || || |||||  | ||||| || |||||||| || || |||||||| || ||||| ||| | || |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||| ||  | |   | |||   |||| ||     | |  | ||  | || |||   || | |  ||   | | ||| ||  |||||                                                                    
ACAGCAAGGACCTAGAGCTATTGGCTTTTTTGGAACTCGGAACATGGGATTCATGCACCAAGAACTAATTGAGATTCTTAGCTATGCTATGGTTATAACTgtaagtttctgttattttactctatagtatcatatgctttcttgtagtcttgtggaacacaatatatggtgaattggtga-tgcagtatagttatgatttttgttaacaattccaatagctgtgtctcacaacttcttgtccatctgtttgtag

upper sequence: LOC_Os01g23680.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA17G00330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GCAACAGGGACCGCGGGCTATAGGTTTTTTTGGTACCCGTAACATGGGGTTTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgta---tgtcacagagtcttatggtataatag---ttcttccaatatttgattcatgtactactctaattaatattatttgttggctgcag---------------------------------------------------------------------
 || || |||||  | ||||| || |||||||| || || |||||||| || ||||| ||| | || |||||||| || |||||||||||||||||||| |||   ||| |         |  |||| |||    | |||  |   ||| | || ||||  || | |  ||   | | ||| ||  |||||                                                                     
ACAGCAAGGACCTAGAGCTATTGGCTTTTTTGGAACTCGGAACATGGGATTCATGCACCAAGAACTAATTGAGATTCTTAGCTATGCTATGGTCATAACTgtaagttgttattttactcaagagtattatatgcttgcttgaagagtttcagtcttgtagaacacaatatatggtgaattggtga-tgcagtactagttatgatttttgttaacaactccaatggctgtgtctcacaacttcttgtccatctgtttgtag

upper sequence: LOC_Os01g23680.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv10s0042g00120.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GCAACAGGGACCGCGGGCTATAGGTTTTTTTGGTACCCGTAACATGGGGTTTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcacagagtcttatggtataatagttcttccaatatttgat-tcatgtactactctaattaatattatttgttggctgcag-----------------------------------------------------------------------------------------
 ||| | || ||  | ||||| || || ||||| || || || ||||| ||  |||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  |   |||  |      |||||  |   |||| | |  | |||| ||  ||      |    || | ||  | | |                                                                                          
ACAAGAAGGGCCAAGAGCTATTGGCTTCTTTGGGACACGAAATATGGGATTCCTGCATCAAGAACTTATCGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTTATAACTgtatgacattggaacttcagtc----tagtttattttatatgtaacattatgtgctcgtcaggcagaccagatgttttctcagtactggatcttaccactttcatgttggctgcatgggcgagcatatgttcctgattttcaaggtcattgctttaccgtaattttttcctgcag

upper sequence: LOC_Os01g23680.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0094g01380.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GCAACAGGGACCGCGGGCTATAGGTTTTTTTGGTACCCGTAACATGGGGTTTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcacagagtcttatggtataatagttctt--ccaatatttgattcatgtactactctaattaatattatttgttggctgcag--------------------------------------------
 ||||| || ||  | ||||| || || ||||| ||  | || ||||| || |  |||||| | ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||   | |   ||| |   |  ||| ||  |  | || |||         || |   |  |  | |  |  | |    || ||                                             
ACAACAAGGGCCAAGAGCTATTGGGTTCTTTGGGACAAGGAATATGGGATTCACACATCAAGAACTTATTGAGATTCTCAGCTATGCTATGGTTATAACTgtatgatgctgtaacttctatcagtatattttatgtctaacattgtgggtgcttattgagcccaaca-tgctgctgggactctccattttcatattcatgcttctgaaattcctatgattatttcctacag

upper sequence: LOC_Os01g23680.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S323_60V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
GCAACAGGGACCGCGGGCTATAGGTTTTTTTGGTACCCGTAACATGGGGTTTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcacagagtcttat-----ggtataatagttcttccaatatttgattcatgtactactctaattaatattatttgttggctgcag----------
|||  | |||||  |||||||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||| || || || |||||||| || || ||||| ||||| || |||||  ||      ||| | |     | | ||  | | ||  |  | |||  ||  |  | |  |   ||| | | |    ||||  | |            
GCAGAATGGACCAAGGGCTATAGGGTTTTTTGGTACTCGGAATATGGGGTTCATGCACCAGCAACTCATTGAGATTCTTAGTTATGCGATGGTTATCACGgtgagtatgtatgtcatgtttccagctgtacgaatgctgtctgtttttatttgtttgaatcttagcattgacaatcaaggttgatttcttcctccgcatt

upper sequence: LOC_Os01g23680.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S134_28V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
GCAACAGGGACCGCGGGCTATAGGTTTTTTTGGTACCCGTAACATGGGGTTTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcacagagtcttatggta--taatagttcttccaatatttgattcatgtactactctaattaatattatttgttggctgcag-------------
 ||  | |||||  |||||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| || || || |||||||| || || ||||| ||||| || |||||| ||    | ||| |||  |   |  ||    | ||      || ||    ||||| |   |||   |||     |||  |                 
ACAGAATGGACCAAGGGCTATAGGCTTTTTTGGAACTCGGAACATGGGGTTCATGCACCAGCAACTCATTGAGATTCTTAGTTATGCGATGGTTATCACGgtaagtatgtgtgtcgtattatcatttgtacgaatgcctgctcctgtttgtcttactattggcattggcatttaagtttgatttttacttgagcgttcga

upper sequence: LOC_Os01g23680.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S152_50V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
GCAACAGGGACCGCGGGCTATAGGTTTTTTTGGTACCCGTAACATGGGGTTTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcacagagtctta---tggtata-atagttcttccaatatttgattcatgtactactctaattaatattatttgtt---ggctgcag---------
 ||  | |||||  |||| || || ||||| ||||| || ||||||||||||||||| || || |||||||| || || |||||||| ||||| ||  ||||  ||      ||| ||   | || ||  || |  ||||| | |  || |  |    ||| |||  |    ||   |  |   || | ||          
ACAGAATGGACCAAGGGCAATCGGGTTTTTCGGTACTCGGAACATGGGGTTTATGCACCAGCAACTTATTGAAATTCTCAGCTATGCAATGGTAATCGCGgtgagtatgcatgtcctactgttgtttatgtattatttccattttacgaatgtttctttac-ctatgtggagttccctacttgaggattcaatgggagaga

upper sequence: LOC_Os01g23680.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ38716 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
GCAACAGGGACCGCGGGCTATAGGTTTTTTTGGTACCCGTAACATGGGGTTTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcacagagtcttatggt-ataatagttcttccaatatttgattcatgtactactctaattaatattatttgttggctgcag
 ||||| || ||  | ||||| || || || || || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || || || ||||| || |||||  ||  |   || |   |   |  |     |    |||        |  | |  | |||||         ||       | |||
ACAACAAGGGCCAAGAGCTATCGGCTTCTTCGGAACGCGAAACATGGGATTCATGCATCAACAGCTTATTGAGATACTTAGTTACGCGATGGTAATCACGgtgagtttcct-gtttcgcgacgacgacgaagcagaaaatcgaaaggacgag-aaaagtctaaccgtcggc-ttcacctcttccag

upper sequence: LOC_Os01g23680.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ31428 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
GCAACAGGGACCGCGGGCTATAGGTTTTTTTGGTACCCGTAACATGGGGTTTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcacagagtcttatggtataatagttcttccaatatttgattcatgt-actactctaattaatattatttgttggctgcag
 ||||| || ||  | ||||| || || || || || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || || || ||||| || |||||  ||  |   |  |   |    |  |        |||||   |   | |  |  | |||||         ||       | |||
ACAACAAGGGCCAAGAGCTATCGGCTTCTTCGGAACGCGAAACATGGGATTCATGCATCAACAGCTTATTGAGATACTTAGTTACGCGATGGTAATCACGgtgagtttcct-gcttcgcgacg-acgaagaagcagaatatcgaaaggacgagaaaagtctaaccgtcggc-ttcacctcttccag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29659908|gb|CB656183.1|CB656183
EST:     TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACG                         AAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
genomic: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcaca ... ttggctgcagAAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
EST: gi|29658365|gb|CB654640.1|CB654640
EST:     TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACG                         AAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
genomic: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcaca ... ttggctgcagAAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
EST: gi|163923267|gb|EG711076.1|EG711076
EST:     TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACG                         AAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
genomic: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcaca ... ttggctgcagAAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
EST: gi|29657705|gb|CB653980.1|CB653980
EST:     TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACG                         AAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
genomic: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcaca ... ttggctgcagAAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
EST: gi|29660019|gb|CB656294.1|CB656294
EST:     TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACG                         AAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
genomic: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcaca ... ttggctgcagAAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
EST: gi|25807329|gb|CA763290.1|CA763290
EST:     TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACG                         AAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
genomic: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcaca ... ttggctgcagAAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
EST: gi|157651885|gb|EX451519.1|EX451519
EST:     TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAACTATGCTATGGTCATAACG                         AAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
genomic: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcaca ... ttggctgcagAAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
EST: gi|86500098|gb|CI142731.1|CI142731
EST:     TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACG                         AAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
genomic: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcaca ... ttggctgcagAAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCAACAGGGACCGCGGGCTATAGGTTTTTTTGGTACCCGTAACATGGGGTTTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcacagagtcttatggtataatagttcttccaatatttgattcatgtactactctaattaatattatttgttggctgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC