1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
ACTCACGCACATGATCTCCATGCCTCTGACTGCTTACACGAACTCCGGCCAGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttcccgagcacccaacaacgcaaatgctttggacagtgctagaagaaccaataaacatttccatatgggatatgctaatcttatctgatagtgatgaggagtattttaccagtggacagtgtgttcattcatgtgttgctatgtttggcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g17390.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGNCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|86479870|gb|CI122503.1|CI122503
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: TCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG NCTGGTGGTATGGAGTTGTTGCCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|88994072|gb|CI116036.1|CI116036
genomic: TCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: AGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGCCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|87029722|gb|CI274403.1|CI274403
genomic: AGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: AATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGCCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|87021508|gb|CI274115.1|CI274115
genomic: AATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|218491268|gb|FG950311.1|FG950311
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|87031194|gb|CI259774.1|CI259774
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|86479879|gb|CI122512.1|CI122512
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|86481774|gb|CI124407.1|CI124407
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: AGGCGATAACAATGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|38478130|gb|CF962263.1|CF962263
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: CGAT-ACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|3762031|gb|C99279.1|C99279
genomic: CGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|218494279|gb|FG965188.1|FG965188
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|87041818|gb|CI196440.1|CI196440
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: TAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|88198100|gb|CI197950.1|CI197950
genomic: TAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: AGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|87039398|gb|CI194020.1|CI194020
genomic: AGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: GCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGNCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|86480875|gb|CI123508.1|CI123508
genomic: GCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|86480865|gb|CI123498.1|CI123498
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: GCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGTTGGTATGGAGTTGTTGTCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|87014139|gb|CI273329.1|CI273329
genomic: GCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|88197252|gb|CI197102.1|CI197102
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGCCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|87015128|gb|CI273526.1|CI273526
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|3762032|gb|C99280.1|C99280
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: GCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|86827378|gb|CI272800.1|CI272800
genomic: GCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCEST: gi|29642841|gb|CB647848.1|CB647848
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ACTCACGCACATGATCTCCATGCCTCTGACTGCTTACACGAACTCCGGCCAGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttcccgagcacccaacaacgcaaatgctttggacagtgctagaagaaccaataaacatttccatatgggatatgctaatcttatctgatagtgatgaggagtattttaccagtggacagtgtgttcattcatgtgttgctatgtttggcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA