1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' | 24 5' 3' | 25 5' 3' | 26 5' 3' | 27 5' 3' | 28 5' 3' | 29 5' 3' |
GTACACAAGCAAGGTTGATGAGCTAGTGAAGGACAGGATTGAATCACAGAATGAAGTAAGGGCTAAAGAGAAGGAAGAAAAAGATCTTGTTGCTCAGCAGgtaatctatagagattgctcttcttttggttattattctgttattatttagtaggcagcatgacgagtggtattacattgtatggtgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g01390.1 |
intron # | 29 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGAAGTAAGGGCTAAAGAGAAGGAAGAAAAAGATCTTGTTGCTCAGCAG AACATGTATGCCCAATTGCTTCCTCTTGCCTTGCCTGCTCCTCCTGGTATGEST: gi|29624231|gb|CB629242.1|CB629242
genomic: ATGAAGTAAGGGCTAAAGAGAAGGAAGAAAAAGATCTTGTTGCTCAGCAGgtaatctata ... tatggtgcagAACATGTATGCCCAATTGCTTCCTCTTGCCTTGCCTGCTCCTCCTGGTATG
EST: ATGAAGTAAGGGCTAAAGAGAAGGAAGAAAAAGATCTTGTTGCTCAGCAG AACATGTATGCCCAATTGCTTCCTCTTGCCTTGCCTGCTCCTCCTGGTATGEST: gi|218482187|gb|FG963703.1|FG963703
genomic: ATGAAGTAAGGGCTAAAGAGAAGGAAGAAAAAGATCTTGTTGCTCAGCAGgtaatctata ... tatggtgcagAACATGTATGCCCAATTGCTTCCTCTTGCCTTGCCTGCTCCTCCTGGTATG
EST: GAAGGAAGAAAAAGATCTTGTTGCTCAGCAG AACATGTATGCCCAATTGCTTCCTCTTGCCTTGCCTGCTCCTCCTGGTATGEST: gi|58684820|gb|CK073507.1|CK073507
genomic: GAAGGAAGAAAAAGATCTTGTTGCTCAGCAGgtaatctata ... tatggtgcagAACATGTATGCCCAATTGCTTCCTCTTGCCTTGCCTGCTCCTCCTGGTATG
EST: AGAGAAGGAAGAAAAAGATCTTGTTGCTCAGCAG AACATGTATGCCCAATTGCTTCCTCTTGCCTTGCCTGCTCCTCCTGGTATGEST: gi|25800929|gb|CA756890.1|CA756890
genomic: AGAGAAGGAAGAAAAAGATCTTGTTGCTCAGCAGgtaatctata ... tatggtgcagAACATGTATGCCCAATTGCTTCCTCTTGCCTTGCCTGCTCCTCCTGGTATG
EST: ATGAAGTAAGGGCTAAAGAGAAGGAAGAAAAAGATCTTGTTGCTCAGCAG AACATGTATGCCCAATTGCTTCCTCTTGCCTTGCCTGCTCCTCCTGGTATGEST: gi|24208738|gb|AU225765.1|AU225765
genomic: ATGAAGTAAGGGCTAAAGAGAAGGAAGAAAAAGATCTTGTTGCTCAGCAGgtaatctata ... tatggtgcagAACATGTATGCCCAATTGCTTCCTCTTGCCTTGCCTGCTCCTCCTGGTATG
EST: ATGAAGTAAGGGCTAAAGAGAAGGAAGAAAAAGATCTTGTTGCTCAGCAG AACATGTATGCCCAATTGCTTCCTCTTGCCTTGCCTGCTCCTCCTGGTATGEST: gi|27921195|gb|CB097003.1|CB097003
genomic: ATGAAGTAAGGGCTAAAGAGAAGGAAGAAAAAGATCTTGTTGCTCAGCAGgtaatctata ... tatggtgcagAACATGTATGCCCAATTGCTTCCTCTTGCCTTGCCTGCTCCTCCTGGTATG
EST: GGAAGAAAAAGATCTTGTTGCTCAGCAG AACATGTATGCCCAATTGCTTCCTCTTGCCTTGCCTGCTCCTCCTGGTATG
genomic: GGAAGAAAAAGATCTTGTTGCTCAGCAGgtaatctata ... tatggtgcagAACATGTATGCCCAATTGCTTCCTCTTGCCTTGCCTGCTCCTCCTGGTATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTACACAAGCAAGGTTGATGAGCTAGTGAAGGACAGGATTGAATCACAGAATGAAGTAAGGGCTAAAGAGAAGGAAGAAAAAGATCTTGTTGCTCAGCAGgtaatctatagagattgctcttcttttggttattattctgttattatttagtaggcagcatgacgagtggtattacattgtatggtgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA