Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGATAAAGAGTGAAGgttacacaatgaagtgtgccagattttgaatggatacaagcaggtatatatttttttttcttagggcgggtaaaacgattcctcattgcggttctgtatc...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g59494.1
intron # 28
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g59494.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 28
lower sequence: GRMZM5G869572_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
GAGATAAAGAGTGAAGgt-tacacaatgaagtgtgccagattttgaatggatacaagcaggtata--tatttttttttcttagggcgggtaaaacgattcctcattgcggttctgtatc------------------------
|||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||| |  |    |  |   || |     | | || |            | | ||  ||                         
GAGATAAAAAGTGAAGGTCTTCACAATGAGGTGTGCCAGATTCTGAATGGCTACAAGCAGgtaaagctggcctcctccttttgcatctgcataatggcgatggtaaatgatgctaaatagttattgtttttgttgttgtctag

upper sequence: LOC_Os04g59494.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 28
lower sequence: GRMZM2G376731_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 28
GAGATAAAGAGTGAAGgt-tacacaatgaagtgtgccagattttgaatggatacaagcaggtata-------tatttttttttcttagggcgggtaaaacg-attcctcattgcggttctgtatc---------------------
|||||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||| |       | |||   || ||| |     ||   | |   |    |    | |    |||                      
GAGATAAAAAGCGAAGGTCTTCACAATGAGGTGTGCCAGATTCTGAATGGCTACAAGCAGgtaaagctggcctctttaccttcctttgcatttgtgttatgtgatggcaagaatgataaaatattattattatttttggtgtctag