Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTGACAAAACTGACGATGAAGAGAATCCTATGATGGAGACTGTTAGGAGTAAATGTATCACTCAATTACTGCTACTTGGGGCCATTGACAGCATACAGgtactccatatgatggttattagtctgatgtatgaacaaattctgcttgtgaacatgtactaacttgtgcttcttgatggactttgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g37750.1
intron # 27
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g37750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 27
lower sequence: GRMZM2G335287_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 28
GGCTGACAAAACTGACGATGAAGAGAATCCTATGATGGAGACTGTTAGGAGTAAATGTATCACTCAATTACTGCTACTTGGGGCCATTGACAGCATACAGgtactccatatgatggttattagtctgatgtatgaacaaattctgcttgtgaacatgtactaacttgtgcttcttgatggactttgcag------------
|||||||||  |||| || ||||| |  ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||  |  | |     ||||  |  || | |  ||    | ||      ||  | | |   |   ||||  ||| || | || |||               
GGCTGACAAGGCTGAAGAGGAAGAAAGCCCTATGATGGAAACTGTCAGGAGCAAATGTATTACACAGTTACTGCTGCTTGGGGCAATTGAGAGCATACAGgtaagcagtttccactttatatgcatgctcttagatttgagtccatccatggtctt-tctgacaatgtggatctggacgcaccttgtctgctatacagttg
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33688751|gb|CF316990.1|CF316990
EST:     GTAAATGTATCACTCAATTACTGCTACTTGGGGCCATTGACAGCATACAG                         AAGAGGTACTGGAGCAGGCTAAAAACCACACAGCAGACTGCAATAATGGAT
genomic: GTAAATGTATCACTCAATTACTGCTACTTGGGGCCATTGACAGCATACAGgtactccata ... gactttgcagAAGAGGTACTGGAGCAGGCTAAAAACCACACAGCAGACTGCAATAATGGAT
EST: gi|44667159|gb|CR280593.1|CR280593
EST:     GTAAATGTATCACTCAATTACTGCTACTTGGGGCCATTGACAGCATACAG                         AAGAGGTACTGGAGCAGGCTAAAAACCACACAGCAGACTGCAATAATGGAT
genomic: GTAAATGTATCACTCAATTACTGCTACTTGGGGCCATTGACAGCATACAGgtactccata ... gactttgcagAAGAGGTACTGGAGCAGGCTAAAAACCACACAGCAGACTGCAATAATGGAT