Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGAATTATGGGGAATATGATGGACAATCTTTTGGTCAGGAGTCTTACTTCCAAATCAAAAGGTCGTACAGACGATATTGTGCCACCCTCACCTGTGAAGgtacatgttttttcctcttgcacatattgattaggtattgatgaatattatgatttgaacattagcagatcgtactgtcattggtacctttccttgctat...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g37750.1
intron # 26
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g37750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 26
lower sequence: GRMZM2G335287_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 27
AAGAATTATGGGGAATATGATGGACAATCTTTTGGTCAGGAGTCTTACTTCCAAATCAAAAGGTCGTACAGACGATATTGTGCCACCCTCACCTGTGAAGgtacatgt----tttttcctcttgcacatattgattaggtattgatgaatattatgatttgaacattagcagatc-gtactgtcattggtacctttccttgctat
|||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| ||||    | |||||||   |    |    ||      | ||   || |||| ||||  ||| || ||    || ||  |  || |     |  |      
AAGAATTATGGGCAATATGATGGATAATATTTTGGTCAGAAGTCTTACGTCCAAATCAAAAGGTCGAACAGATGATATTGCTCCACCCTCACCTGTGAAGgtatatgtatgctctttcctccatccagcacatgttgataggtcataggtactatggtttgggcatcagtagtctagtgctccctctgttctaaattata-----

upper sequence: LOC_Os07g37750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 26
lower sequence: Vv11s0016g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 29
AAGAATTATGGGGAATATGATGGACAATCTTTTGGTCAGGAGTCTTACTTCCAAATCAAAAGGTCGTA---CAGACGATATTGTGCCACCCTCACCTGTGAAGgtacatgttttttcctcttgcacatattgattaggtattgatgaatattatgatttgaacattagcagatcgtactgtcattggtacctttccttgctat-
   ||||||||| |||||||||||||| || ||  |||| |||||||||||||| || ||  |||||    | || | |   |  ||||| || ||    ||||||| | ||||      |  ||  | ||  || | |   | || |  | |      || ||  |  |      | | ||  || |      ||  || |  
---AATTATGGGAAATATGATGGACAACCTCTTTCTCAGAAGTCTTACTTCCAAGTCTAAGAGTCGTGTTTCGGATGCTTCAGCACCACCTTCTCCACCCAAGgtac-tcttttagtgcatatcagcttttagtttgcttgggttggaggtcaacccaagatcaacacaaagaataaatctctctgctgatggcccaagccaat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33688751|gb|CF316990.1|CF316990
EST:     CCAAATCAAAAGGTCGTACAGACGATATTGTGCCACCCTCACCTGTGAAG                         GCACCTGATGCTGACGGGGCTGACAAAACTGACGATGAAGAGAATCCTATG
genomic: CCAAATCAAAAGGTCGTACAGACGATATTGTGCCACCCTCACCTGTGAAGgtacatgttt ... ttgatcgaagGCACCTGATGCTGACGGGGCTGACAAAACTGACGATGAAGAGAATCCTATG
EST: gi|44667159|gb|CR280593.1|CR280593
EST:     CCAAATCAAAAGGTCGTACAGACGATATTGTGCCACCCTCACCTGTGAAG                         GCACCTGATGCTGACGGGGCCGACAAAACTGACGATGAAGAGAATCCTATG
genomic: CCAAATCAAAAGGTCGTACAGACGATATTGTGCCACCCTCACCTGTGAAGgtacatgttt ... ttgatcgaagGCACCTGATGCTGACGGGGCTGACAAAACTGACGATGAAGAGAATCCTATG