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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTACATCATAAATTTCTTCATCAGCAGTATACCATCTGCTGGGATGTACACTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatattacacacttttgatttgctgtgcaaaaaatatggtaggtttattaaattaacactgttctggcaatgtttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g25980.2
intron # 25
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g25980.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 25
lower sequence: GRMZM2G479163_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
CTACATCATAAATTTCTTCATCAGCAGTATACCATCTGCTGGGATGTACACTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggta-tattacacacttttg-atttgctgtgcaaaaaat--atg-gtaggtttattaaat-----taacactgttctggcaatgtttcag
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CTATGTCCTCAATTTCTTTATCAGCAGTATACCCACTTCTGGAATGTACACTATCATGTTCGGCCTTTGCAGACAACCGTCATACTGGATAACGCTGGTGgtaagttctgctagatgtttttttattggttttgtaaaggcttcatgcatgcattcatcgaatcgtattgaccataatgtgtcattgttccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88531990|gb|CI461443.1|CI461443
EST:     CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88559322|gb|CI489889.1|CI489889
EST:     CCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: CCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88557776|gb|CI488210.1|CI488210
EST:     CATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: CATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88548711|gb|CI478529.1|CI478529
EST:     ATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: ATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATT-GGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88536028|gb|CI465751.1|CI465751
EST:     CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88321476|gb|CI535428.1|CI535428
EST:     CGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: CGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88544107|gb|CI474174.1|CI474174
EST:     ATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: ATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88528061|gb|CI456266.1|CI456266
EST:     CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88534620|gb|CI463356.1|CI463356
EST:     TGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: TGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88534388|gb|CI463108.1|CI463108
EST:     GGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         GTAATCAGTGGAGTTGGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAG
genomic: GGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTT-GGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAG
EST: gi|88525739|gb|CI452766.1|CI452766
EST:     CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88559661|gb|CI490259.1|CI490259
EST:     AACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: AACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88531841|gb|CI460356.1|CI460356
EST:     CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88522652|gb|CI449481.1|CI449481
EST:     CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         GTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88547281|gb|CI477565.1|CI477565
EST:     CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88527302|gb|CI455447.1|CI455447
EST:     CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88545625|gb|CI475196.1|CI475196
EST:     CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88536645|gb|CI465304.1|CI465304
EST:     CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88534708|gb|CI463451.1|CI463451
EST:     ATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCANTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: ATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88538184|gb|CI467194.1|CI467194
EST:     CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: CTATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88548251|gb|CI476607.1|CI476607
EST:     TATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: TATCATGTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88556175|gb|CI486485.1|CI486485
EST:     GTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: GTTCCGGCTTTGCAGACAGCCAACATATTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
EST: gi|88559435|gb|CI490007.1|CI490007
EST:     TTGGGTAACACTGCTG                         CTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA
genomic: TTGGGTAACACTGCTGgtaggtatat ... aatgtttcagCTAATCAGTGGAGTTGGCATGGGCCCTGTATTAGCTCTGAAATATTTCAGA