1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' | 24 5' 3' | 25 5' 3' | 26 5' 3' | 27 5' 3' | 28 5' 3' |
ATAGCGCAATCACTCTTGGGAGGCTTTGCTGGGTCTGTCCAGACATTGTGGCCCCCCACATGGACCATTTCATGCAAGCCTGGTGCAATGCCTTGTGCATgtaagtgtctgtcctttaagctctctggtgcccttttatggatctaattttcgtcatgtacag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g59494.4 |
intron # | 25 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCCCCCCACATGGACCATTTCATGCAAGCCTGGTGCAATGCCTTGTGCAT GATACGAGATGATTTTGAGAAEST: gi|29669949|gb|CB666224.1|CB666224
genomic: GCCCCCCACATGGACCATTTCATGCAAGCCTGGTGCAATGCCTTGTGCATgtaagtgtct ... tcatgtacagGATACGAGATGATTTTGAGAA
EST: GCCCCCCACATGGACCATTTCATGCAAGCCTGGTGCAATGCCTTGTGCAT GATACGAGATGATTTTGAGAAAGAGGATGCATTCCATGGTCTATGTGCAATEST: gi|29624709|gb|CB629720.1|CB629720
genomic: GCCCCCCACATGGACCATTTCATGCAAGCCTGGTGCAATGCCTTGTGCATgtaagtgtct ... tcatgtacagGATACGAGATGATTTTGAGAAAGAGGATGCATTCCATGGTCTATGTGCAAT
EST: TTCATGCAAGCCTGGTGCAATGCCTTGTGCAT GATACGAGATGATTTTGAGAAAGAGGATGCATTCCATGGTCTATGTGCAATEST: gi|86437650|gb|CI119570.1|CI119570
genomic: TTCATGCAAGCCTGGTGCAATGCCTTGTGCATgtaagtgtct ... tcatgtacagGATACGAGATGATTTTGAGAAAGAGGATGCATTCCATGGTCTATGTGCAAT
EST: GGTGCAATGCCTTGTGCAT GATACGAGATGATTTTGAGAAAGAGGATGCATTCCATGGTCTATGTGCAATEST: gi|66929408|gb|CX116256.1|CX116256
genomic: GGTGCAATGCCTTGTGCATgtaagtgtct ... tcatgtacagGATACGAGATGATTTTGAGAAAGAGGATGCATTCCATGGTCTATGTGCAAT
EST: GCCCCCACATGGGACCATTTCATGCAAGCCTGGTGCAATGCCTTGTGCAT GATACGAGATGATTTTGAGAAAGAGGATGCATTCCATGGTCTATGTGCAATEST: gi|58592654|gb|CF990962.1|CF990962
genomic: CCCCCCACATGG-ACCATTTCATGCAAGCCTGGTGCAATGCCTTGTGCATgtaagtgtct ... tcatgtacagGATACGAGATGATTTTGAGAAAGAGGATGCATTCCATGGTCTATGTGCAAT
EST: GCCCCCCACATGGACCATTTCATGCAAGCCTGGTGCAATGCCTTGTGCAT GATACGAGATGATTTTGAGAAAGAGGATGCATTCCATGGTCTATGTGCAAT
genomic: GCCCCCCACATGGACCATTTCATGCAAGCCTGGTGCAATGCCTTGTGCATgtaagtgtct ... tcatgtacagGATACGAGATGATTTTGAGAAAGAGGATGCATTCCATGGTCTATGTGCAAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATAGCGCAATCACTCTTGGGAGGCTTTGCTGGGTCTGTCCAGACATTGTGGCCCCCCACATGGACCATTTCATGCAAGCCTGGTGCAATGCCTTGTGCATgtaagtgtctgtcctttaagctctctggtgcccttttatggatctaattttcgtcatgtacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA