Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAGgttagttatggtacattatttgtttgattttccttgccagctactgattaaccattcacttttctgcattatcttggatacctgtctgtgctatatctaa...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g49940.2
intron # 24
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g49940.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 24
lower sequence: GRMZM2G466139_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 21
GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAGgtt-----agttatggtacattatttgtttgattttccttgccagctactgattaaccattcacttttctgcattatcttggatacctgtctgtgctatatctaa
|||||||||||||||| |||||||||||||||  |  |||| |||||      | || | ||  || |     |     ||  |||  ||  | | ||        || |       | |   |||       |   |  ||  |  || 
GTTGATTTTGTCATGGGAATACTCTCCAGGCTCATCGATAAACAGgtctcaaaatttctcgtgtatcacacagtcatactttattgggag--aattatccgtggcacattgacaaagagtggtttgagctgtagg--gcactgaaaata-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29644685|gb|CB649692.1|CB649692
EST:     GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAG                         ATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
genomic: GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAGgttagttatg ... catgctgcagATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
EST: gi|27577961|gb|CB000656.1|CB000656
EST:     GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAG                         ATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
genomic: GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAGgttagttatg ... catgctgcagATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
EST: gi|87004655|gb|CI300977.1|CI300977
EST:     GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAG                         ATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
genomic: GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAGgttagttatg ... catgctgcagATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
EST: gi|163925961|gb|EG714989.1|EG714989
EST:     GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAG                         ATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
genomic: GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAGgttagttatg ... catgctgcagATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
EST: gi|33794819|gb|CF323289.1|CF323289
EST:     GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAG                         ATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATC
genomic: GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAGgttagttatg ... catgctgcagATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGG--TTGGGTTCTTAAAATTGGCATATC
EST: gi|300215772|gb|HO088398.1|HO088398
EST:     GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAG                         ATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
genomic: GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAGgttagttatg ... catgctgcagATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAGgttagttatggtacattatttgtttgattttccttgccagctactgattaaccattcacttttctgcattatcttggatacctgtctgtgctatatctaa

- - - - -  CATGGA