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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGAAGCAGGTGATTCTCTAGATCATTGTGATAAGCTCATTGAGTTGGTTGCTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAGgttagtgttatattctttttatttggtcaatataaattacttgtgaacttcttaatgtcaacagcaatattttgtaattaattcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g42420.1
intron # 23
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g42420.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 23
lower sequence: GRMZM2G348675_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 23
TGAAGCAGGTGATTCTCTAGATCATTGTGATAAGCTCATTGAGTTGGTTGCTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAGgttagtgttatattctttttatttg---gtcaatataaattact--tgtgaacttcttaatgtcaacagcaatattttgtaattaatt--cag
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TGATCTAGATTACTCTCTAGATAAATGTGACGAACTTGTTGAGTTAGTTGGTTCAGCCGAGTCTGGAATGATGCATTTGTTCAGCCAGCAGCAGTTGCAGgtcacttctaatgacctttcgtttgttaatccactcgggcccttattctgcccaccctgacgccaacaaaattgttgttcaattgtttgtcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88256554|gb|CI358942.1|CI358942
EST:     CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAG                         GAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
genomic: CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAGgttagtgtta ... attaattcagGAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
EST: gi|218496980|gb|FG962464.1|FG962464
EST:     CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAG                         GAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
genomic: CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAGgttagtgtta ... attaattcagGAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
EST: gi|58679628|gb|CK068315.1|CK068315
EST:     CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAG                         GAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
genomic: CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAGgttagtgtta ... attaattcagGAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
EST: gi|88269323|gb|CI380621.1|CI380621
EST:     CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAG                         GAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
genomic: CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAGgttagtgtta ... attaattcagGAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
EST: gi|8527388|gb|AU092203.1|AU092203
EST:     CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAG                         GAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTNCCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
genomic: CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAGgttagtgtta ... attaattcagGAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
EST: gi|58665324|gb|CK054010.1|CK054010
EST:     TTCCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAG                         GAATTCCTGCTTTT
genomic: TTC-ATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAGgttagtgtta ... attaattcagGAATTCCTGCTTTT
EST: gi|58693556|gb|CK082243.1|CK082243
EST:     CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAG                         GAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
genomic: CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAGgttagtgtta ... attaattcagGAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
EST: gi|29629130|gb|CB634141.1|CB634141
EST:     CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAG                         GAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
genomic: CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAGgttagtgtta ... attaattcagGAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
EST: gi|163922921|gb|EG712746.1|EG712746
EST:     CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAG                         GAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
genomic: CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAGgttagtgtta ... attaattcagGAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
EST: gi|86845444|gb|CI340487.1|CI340487
EST:     CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTCCAG                         GAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
genomic: CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAGgttagtgtta ... attaattcagGAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
EST: gi|38468516|gb|CF952647.1|CF952647
EST:     CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAG                         GAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
genomic: CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAGgttagtgtta ... attaattcagGAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
EST: gi|88283673|gb|CI405119.1|CI405119
EST:     CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAG                         GAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
genomic: CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAGgttagtgtta ... attaattcagGAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
EST: gi|88901903|gb|CI374511.1|CI374511
EST:     CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAG                         GAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATGTAAAATGGAGCTTGAG
genomic: CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAGgttagtgtta ... attaattcagGAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
EST: gi|29627724|gb|CB632735.1|CB632735
EST:     CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAG                         GAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
genomic: CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAGgttagtgtta ... attaattcagGAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
EST: gi|218482307|gb|FG954939.1|FG954939
EST:     CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAG                         GAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG
genomic: CTTCATCGGAATCTGGAATAATGCATTTGTTCAGCCAACAGCAGTTGCAGgttagtgtta ... attaattcagGAATTCCTGCTTTTTGAGAGAGAATGCTACCTATCTAAAATGGAGCTTGAG