Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCTGGTCTTGTGACGGTTCTGCATGCCTGTCTTGACATGAAATCCATCATTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTACCCTAGCTATGCAGgtatatatctcgttcaaagatcttggtagtgggcatatagctaaaccagtcacatggattctcagttctctctactgtaacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g48640.2
intron # 23
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g48640.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 23
lower sequence: AT2G20580.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 21
TGCTGGTCTTGTGACGGTTCTGCATGCCTGTCTTGACATGAAATCCATCATTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTACCCTAGCTATGCAGgtatatatctcgttcaaagatcttggtagtgggcatatagctaaaccagtcacatggattctcagttctctc-tactgtaacag----------------------
||||||| | |||||  || ||||||| || |||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||  |||| ||  ||||     | || ||||| ||   |    | |       || ||    |   | | | | ||     |||  ||| | |  |  |  | |  || |  | ||                       
TGCTGGTATAGTGACACTTTTGCATGCATGCCTTGACATGAAACCAATCATACTCGGGAAGTACCATTATGTGCTGTACTTCCTCGTTTTGGCGATGCAAgtgagttcaacttct----gtcctgtgtttctccctcttgttagttaggtctgatgaacttgctatgatttgatatttaatcaaattttgttaaaaaaatgtatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29614662|gb|CB619675.1|CB619675
EST:     TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTACCCTAGCTATGCAG                         CCTANGATGCTATTGACTGTGGA
genomic: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTACCCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgtaacagCCTAGGATGCTATTGACTGTGGA
EST: gi|58590730|gb|CF989038.1|CF989038
EST:     TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTACCCTAGCTATGCAG                         CCTAGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG
genomic: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTACCCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgtaacagCCTAGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG