Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGAGAATATTGGTTGATGATTGTGACACTTCTAAATTTGGAATTTGGGACCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAGgtttgtttgtgaaaatacatgatatatcttctcgtttgcttttcttacatcataaatgttttttttggtactattgtccag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g52900.1
intron # 23
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g52900.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 24
lower sequence: GRMZM2G084181_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 23
GGGAGAATATTGGTTGATGATTGTGACACTTCTAAATTTGGAATTTGGGACCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAGgtttgtttgtgaaaa-tacatgatatatcttctcgtttgcttttcttacatcata-----aatgttttttttggtactattgtc-cag
|||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| || | ||||||| |||||| ||  |  |   | ||  |||| |  || | |      | ||   | |||  || |    |  |||
GGGAGAATATTAATTGATGATTGTGACACTTCTAAGTTTGGAATTTGGGACTTGCGCAAAGTTCTAGGAATAATACCACAGGCACCAGTTCTATTCTCAGgtatgctagtgaaaaatacatgttagctgctggagcttctttttttggcaacttgggtttagtgaaatatttattaatgccctttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33381540|gb|CF196883.1|CF196883
EST:     CCTACGAAAAGTACTAGGAATTATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAG                         GTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
genomic: CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAGgtttgtttgt ... tattgtccagGTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
EST: gi|58691149|gb|CK079836.1|CK079836
EST:     CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAG                         GTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
genomic: CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAGgtttgtttgt ... tattgtccagGTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
EST: gi|58655688|gb|CK044368.1|CK044368
EST:     CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAG                         GTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
genomic: CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAGgtttgtttgt ... tattgtccagGTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
EST: gi|58690744|gb|CK079431.1|CK079431
EST:     CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAG                         GTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
genomic: CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAGgtttgtttgt ... tattgtccagGTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
EST: gi|29680004|gb|CB676279.1|CB676279
EST:     CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAG                         GTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
genomic: CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAGgtttgtttgt ... tattgtccagGTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
EST: gi|33793897|gb|CF322837.1|CF322837
EST:     CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAG                         GTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGA
genomic: CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAGgtttgtttgt ... tattgtccagGTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGA
EST: gi|58693939|gb|CK082626.1|CK082626
EST:     AGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAG                         GTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
genomic: AGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAGgtttgtttgt ... tattgtccagGTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
EST: gi|29671480|gb|CB667755.1|CB667755
EST:     CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAG                         GTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
genomic: CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAGgtttgtttgt ... tattgtccagGTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
EST: gi|58689770|gb|CK078457.1|CK078457
EST:     CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAG                         GTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
genomic: CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAGgtttgtttgt ... tattgtccagGTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
EST: gi|58588567|gb|CF986875.1|CF986875
EST:     CCTACGAAAAGTAGTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAG                         GTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
genomic: CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAGgtttgtttgt ... tattgtccagGTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
EST: gi|58657519|gb|CK046199.1|CK046199
EST:     CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAG                         GTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
genomic: CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAGgtttgtttgt ... tattgtccagGTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
EST: gi|112786349|gb|EE590578.1|EE590578
EST:     CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAG                         GTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
genomic: CCTACGAAAAGTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAGgtttgtttgt ... tattgtccagGTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
EST: gi|84117316|gb|CD151083.1|CD151083
EST:     GTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAG                         GTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC
genomic: GTACTAGGAATAATACCACAGGCACCTGTCCTATTTTCAGgtttgtttgt ... tattgtccagGTTCTGTTCGATTTAATCTGGATCCTTTTAATGAGCACAATGATGCGGATC