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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGAGGATTGCTCAAGGTCTTGTTCACCTTGGGAAGGGTTTGCTGACCCTTTCACCATATCACTCTGACCGGTTCCTTCTGTCCCCgtgagtaacttataaagttgttgaatctccttcaatcttattggaaccacattttctaagagtataagtccattgttcttcacttttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g48640.2
intron # 22
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29614662|gb|CB619675.1|CB619675
EST:     GGTTTGCTGACCCTTTCGCCATATCACTCTGACCGGTTCCTTCTGTCCCC                         CATAGCACTTGCTGGTCTTGTGACGGTTCTGCATGCCTGTCTTGACATGAA
genomic: GGTTTGCTGACCCTTTCACCATATCACTCTGACCGGTTCCTTCTGTCCCCgtgagtaact ... cacttttcagCATAGCACTTGCTGGTCTTGTGACGGTTCTGCATGCCTGTCTTGACATGAA
EST: gi|58590730|gb|CF989038.1|CF989038
EST:     GGTTTGCTGACCCTTTCGCCATATCACTCTGACCGGTTCCTTCTGTCCCC                         CATAGCACTTGCTGGTCTTGTGACGGTTCTGCATGCCTGTCTTGACATGAA
genomic: GGTTTGCTGACCCTTTCACCATATCACTCTGACCGGTTCCTTCTGTCCCCgtgagtaact ... cacttttcagCATAGCACTTGCTGGTCTTGTGACGGTTCTGCATGCCTGTCTTGACATGAA