Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCAAAAGCAAACTTCGAGGGCACTCTAAGAAAATTACTGGACTTGCTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttactgaactatcaactcacaccatagagcaagccacttctgtttgtctttactgtttatacttttcctccttgtag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g14980.2
intron # 22
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g14980.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 23
lower sequence: GRMZM2G030422_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 24
GTCAAAAGCAAACTTCGAGGGCACTCTAAGAAAATTACTGGACTTGCTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttactgaactatcaactcacaccataga--gcaagccacttctgtttgtcttt-actgtttatactt-ttcctccttgtag
||||||||||| ||  |||| |||||||||| ||| || || ||||| |||||||||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||  ||| |  |||      || |  ||| | ||    ||| |||  || || || || || |||  ||
GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAGgttatttactgaactgtcagttcagaaaatatgtgaaaaacttcttatattaaaatttcactaattttaattatttcttctttcag

upper sequence: LOC_Os03g14980.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 23
lower sequence: GRMZM2G550865_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
GTCAAAAGCAAACTTCGAGGGCACTCTAAGAAAATTACTGGACTTGCTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttactgaactatcaactcacaccatag--agcaagccacttctgtt-tgtctttactgtttata-cttttcctccttgtag
||||||||||| ||  | || |||||||||| ||| || || ||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| | ||||     ||| |   || | || | | || ||  ||| || |  || |  ||| |||
GTCAAAAGCAAGCTCAGGGGTCACTCTAAGAGAATCACGGGTCTTGCCTTTTCAAATGTGCTAAATGTCTTAGTCTCTTCCGGAGCTGATGCTCAGgttatttactgaactgtcaattcagatcatatctgacaaacttattgtattatattttcaccatttttaaccgtttccacttttag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27554431|gb|CA998331.1|CA998331
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58657128|gb|CK045808.1|CK045808
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58677432|gb|CK066119.1|CK066119
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58655231|gb|CK043911.1|CK043911
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58691548|gb|CK080235.1|CK080235
EST:     CTTTTTCAAATGTATTACATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTG
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTG
EST: gi|58594272|gb|CF992580.1|CF992580
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58657970|gb|CK046650.1|CK046650
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGCGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|163926688|gb|EG713704.1|EG713704
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58694029|gb|CK082716.1|CK082716
EST:     AATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: AATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58656462|gb|CK045142.1|CK045142
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|218501279|gb|FG957977.1|FG957977
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|218487225|gb|FG954419.1|FG954419
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|29680680|gb|CB676955.1|CB676955
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58689471|gb|CK078158.1|CK078158
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58694923|gb|CK083610.1|CK083610
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|29673860|gb|CB670135.1|CB670135
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58590233|gb|CF988541.1|CF988541
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATGTGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCAAAAGCAAACTTCGAGGGCACTCTAAGAAAATTACTGGACTTGCTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttactgaactatcaactcacaccatagagcaagccacttctgtttgtctttactgtttatacttttcctccttgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT