Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTGGACGCATCTTCAAGCGATTCAAGAGGCATGGAGGCATCGACGAGCATGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaatcacagccactctatttagcactactaatatcctccaaaggaagattgttcttatttttatcgtatggcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g24180.1
intron # 21
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32947919|gb|BP184491.1|BP184491
EST:     TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG                         GGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
EST: gi|86520639|gb|CI160845.1|CI160845
EST:     TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG                         GGTGTTGATTATGGGAGCCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
EST: gi|86477494|gb|CI120127.1|CI120127
EST:     TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG                         GGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
EST: gi|88229739|gb|CI229615.1|CI229615
EST:     TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG                         GGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
EST: gi|88966345|gb|CI119480.1|CI119480
EST:     TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG                         GGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
EST: gi|29678508|gb|CB674783.1|CB674783
EST:     TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG                         GGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
EST: gi|66916117|gb|CX102965.1|CX102965
EST:     TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG                         GGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
EST: gi|86482299|gb|CI124932.1|CI124932
EST:     TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG                         GGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
EST: gi|88842382|gb|CI081638.1|CI081638
EST:     TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG                         GGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 37 (upstream exon), 36 (downstream exon)
Score: 4

TTTGGACGCATCTTCAAGCGATTCAAGAGGCATGGAGGCATCGACGAGCATGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAACTGACAACTAGGCTAGACTTCTTCAAAGAGCGGAGGTCGCAACTGATGG




<











<


<