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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCCGCAACTTGCACCCAATCCATATCAGTTGgtaagcacgagcccccacattctcctactatcatttactgtaggaaatgtgcttttcctctagcaaaagcatatatggttacgatatatattcacacctttttcttcttttgcactctgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g07310.1
intron # 21
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86480792|gb|CI123425.1|CI123425
EST:     CTCCGGAACTTGCACCCAATCCATATCAGTTG                         TGGCCCCTGTGCACTACGCTCGTCTTCTGTCATCACGAGCTCGATGTTACA
genomic: CTCCGCAACTTGCACCCAATCCATATCAGTTGgtaagcacga ... cactctgcagTGGCCCCTGTGCACTACGCTCGTCTTCTGTCATCACGAGCTCGATGTTACA
EST: gi|29675139|gb|CB671414.1|CB671414
EST:     CTCCGCAACTTGCACCCAATCCATATCAGTTG                         TGGCCCCTGTGCACTACGCTCGTCTTCTGTCATCACGAGCTCGATGTTACA
genomic: CTCCGCAACTTGCACCCAATCCATATCAGTTGgtaagcacga ... cactctgcagTGGCCCCTGTGCACTACGCTCGTCTTCTGTCATCACGAGCTCGATGTTACA
EST: gi|86259727|gb|CI065600.1|CI065600
EST:     TCCATATCAGTTG                         TGGCCCCTGTGCACTACGCTCGTCTTCTGTCATCACGAGCTCGATGTTACA
genomic: TCCATATCAGTTGgtaagcacga ... cactctgcagTGGCCCCTGTGCACTACGCTCGTCTTCTGTCATCACGAGCTCGATGTTACA