Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCAACAAATTATGTAACATTAGTTACTGCACAGCTTATTGTCATGGCAACTCACATGgtacttgaaatctttcaccttatttatactcttggtaaaacaattgcatttaactgtcctgacttgtttattttccaccaacaatggag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g39380.3
intron # 21
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g39380.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 21
lower sequence: GRMZM2G074466_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
--------------------------------------GTCAACAAATTATGTAACATTAGTTACTGCACAGCTTATTGTCATGGCAACTCACATGgtacttgaaatctttcaccttatttatactcttggtaaaacaattgcatttaactgtcctgacttgtttattttccaccaacaatggag
                                      |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |    | ||       ||||| ||||   |||  || | |||||  || | ||  |||     ||||  || ||  | |   
GCTGTTTTATCTTATGTTTTGTTTCTTCTGCTCTACAGGTCAGCAAATTATGTAACGTTAGTTACTGCACAGCTCATTCTCATGGCAACTCACATGgtactttatgcttgtc-------ttatattctttcaaaattaacttcatttgtctatactatcttacc--ttttttactaatgaag---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58659341|gb|CK048021.1|CK048021
EST:     ATTATGTAACATTAGTTACTGCACAGCTTATTGTCATGGCAACTCACATG                         GCTGGACTGGGACTATCTGATATTGATTCTTGGAATATGATTGAGAAAATA
genomic: ATTATGTAACATTAGTTACTGCACAGCTTATTGTCATGGCAACTCACATGgtacttgaaa ... aacaatggagGCTGGACTGGGACTATCTGATATTGATTCTTGGAATATGATTGAGAAAATA
EST: gi|163918523|gb|EG713217.1|EG713217
EST:     ATTATGTAACATTAGTTACTGCACAGCTTATTGTCATGGCAACTCACATG                         GCTGGACTGGGACTATCTGATATTGATTCTTGGAATATGATTGAGAAAATA
genomic: ATTATGTAACATTAGTTACTGCACAGCTTATTGTCATGGCAACTCACATGgtacttgaaa ... aacaatggagGCTGGACTGGGACTATCTGATATTGATTCTTGGAATATGATTGAGAAAATA
EST: gi|163926766|gb|EG715054.1|EG715054
EST:     ATGGCAACTCACATG                         GCTGGACTGGGACTATCTGATATTGATTCTTGGAATATGATTGAGAAAATA
genomic: ATGGCAACTCACATGgtacttgaaa ... aacaatggagGCTGGACTGGGACTATCTGATATTGATTCTTGGAATATGATTGAGAAAATA