Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTTGGTGGTTGCCGCAACTCCTTGGAATTGACATTACCATCTAGGAGTGCTCAGgtgggtgggtgtaaagatatgtgatgccagaactccttggagttggttgttgccacagctccattacaacagatatgcttctcttttaaaagaatacacacgcttgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g26234.1
intron # 20
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89193939|gb|CI018257.1|CI018257
EST:     GTGGTTGCCGCAACTCCTTGGAATTGACATTACCATCTAGGAGTGCTCAG                         GTATTCAAGTTGGTCCGAATTTTGAGAATTTAGATTCTCAAGGATGAGCAT
genomic: GTGGTTGCCGCAACTCCTTGGAATTGACATTACCATCTAGGAGTGCTCAGgtgggtgggt ... acgcttgcagGTATTCAAGTTGGTCCGAATTTTGAGAATTTAGATTCTCAAGGATGAGCAT
EST: gi|58681802|gb|CK070489.1|CK070489
EST:     GTGGTTGCCGCAACTCCTTGGAATTGACATTACCATCTAGGAGTGCTCAG                         GTATACAAGTTGGTCCGAATTTTGAGAATTTAGATTCTCAAGGATGAGCAT
genomic: GTGGTTGCCGCAACTCCTTGGAATTGACATTACCATCTAGGAGTGCTCAGgtgggtgggt ... acgcttgcagGTATTCAAGTTGGTCCGAATTTTGAGAATTTAGATTCTCAAGGATGAGCAT
EST: gi|29639222|gb|CB644231.1|CB644231
EST:     GTGGTTGCCGCAACTCCTTGGAATTGACATTACCATCTAGGAGTGCTCAG                         GTATTCAAGTTGGTCCGAATTTTGAGAATTTAGATTCTCAAGGATGAGCAT
genomic: GTGGTTGCCGCAACTCCTTGGAATTGACATTACCATCTAGGAGTGCTCAGgtgggtgggt ... acgcttgcagGTATTCAAGTTGGTCCGAATTTTGAGAATTTAGATTCTCAAGGATGAGCAT
EST: gi|29639178|gb|CB644187.1|CB644187
EST:     GTGGTTGCCGCAACTCCTTGGAATTGACATTACCATCTAGGAGTGCTCAG                         GTATTCAAGTTGGTCCGAATTTTGAGAATTTAGATTCTCAAGGATGAGCAT
genomic: GTGGTTGCCGCAACTCCTTGGAATTGACATTACCATCTAGGAGTGCTCAGgtgggtgggt ... acgcttgcagGTATTCAAGTTGGTCCGAATTTTGAGAATTTAGATTCTCAAGGATGAGCAT
EST: gi|88274273|gb|CI394679.1|CI394679
EST:     GGAGTGCTCAG                         GTATTCAAGGTGGTCCGAATTTTGAGAATTTAGATTCTCAAGGATGAGCAT
genomic: GGAGTGCTCAGgtgggtgggt ... acgcttgcagGTATTCAAGTTGGTCCGAATTTTGAGAATTTAGATTCTCAAGGATGAGCAT