Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAACAATGCAATAGAGAAAATCCTTGCCTTGACTCGACGGAGGGAGAAGTTTTTGGTTGTTGCAGCAGTTAGATTTATGCGAACTACTATATCGAGAAATgtaaggtgctattgactttataaacttttttgcacttgttttgactggtgatggaaattcagcactgggaaaatgtaaagttcccttaagttatttactt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g23590.1
intron # 20
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g23590.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 20
lower sequence: GRMZM2G087749_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
CAACAATGCAATAGAGAAAATCCTTGCCTTGACTCGACGGAGGGAGAAGTTTTTGGTTGTTGCAGCAGTTAGATTTATGCGAACTACTATATCGAGAAATgtaaggtgctattgactttataaacttttttgcacttgttttgactggtgatg-gaaattcagcactgggaaaatgtaaagttccc-ttaagttatttactt---
 |||||||| || |||||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| |  |  ||| ||| | |  ||||||    ||   |||   |   ||  ||| |||  |  ||     ||| |   |     || |  ||||        
GAACAATGCTATCGAGAAAATCCTTACATTGACTCAACGAAGGGAGAAGTTTTTGGTTGTAGCAGCTGTTAGATTTATGCGTACTATTATATCCAGAAATgtaagat--ttatgatttt-tgattttttttcttgttacattgttagaaaattcgaagttc--ccttgaagttatgcactatgatggttgaagtattcctcaatg

upper sequence: LOC_Os01g23590.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 20
lower sequence: GRMZM2G035395_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
CAACAATGCAATAGAGAAAATCCTTGCCTTGACTCGACGGAGGGAGAAGTTTTTGGTTGTTGCAGCAGTTAGATTTATGCGAACTACTATATCGAGAAATgtaaggtgctattgactttataaacttttttgcacttgttttgactggtgatggaaattcagcactgggaaaatgtaaagttccc-ttaagttatttactt-----
 || ||||| || |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||    | | |  ||| |   ||| |||  || |  ||  |       ||||| |||  |  ||     ||| |   |     || |  ||||   ||     
GAATAATGCTATCGAGAAAATCCTTACATTGACTCAACGGAGGGAGAAGTTTTTGGTTGTAGCAGCTGTTAGGTTTATGCGTACTATTATATCCAGAAATgtaagac-ttttggtttttttcttcttctttttacattgttaaa---acattggaagttc--ccttgaagttatgcactatcatggttgaagtattcctttgtatc