1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
AACTGCTTTGCTGCTTACTTCTGTCCTAATCTCAGCCAGCTGACCTCCTTCCTCCCTCCCAAAGAGAGAGTTAATGTGTATGGGGATGGTAACGTCAAAGgtaaaaaagttaattactccttgttccaaaaattactactaagatgtgacatatcctaattcaacgaatctagacatactattccttccatcccaaaata...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g16220.2 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCTCCCTCCCAAAGAGAGAGCTAATGTGTATGGGGATGGTAACGTCAAAG CGTTTTTTGTGGATGAAGATGATGTGGGAACATATACAATCAAATCAATCGEST: gi|29660598|gb|CB656873.1|CB656873
genomic: CCTCCCTCCCAAAGAGAGAGTTAATGTGTATGGGGATGGTAACGTCAAAGgtaaaaaagt ... ttatatgcagCGTTTTTTGTGGATGAAGATGATGTGGGAACATATACAATCAAATCAATCG
EST: CCTCCCTCCCAAAGAGAGAGTTAATGTGTATGGGGATGGTAACGTCAAAG CGTTTTTTGTGGATGAAGATGATGTGGGAACATATACAATCAAATCAATCGEST: gi|702642|gb|D48933.1|D48933
genomic: CCTCCCTCCCAAAGAGAGAGTTAATGTGTATGGGGATGGTAACGTCAAAGgtaaaaaagt ... ttatatgcagCGTTTTTTGTGGATGAAGATGATGTGGGAACATATACAATCAAATCAATCG
EST: CCTCCCTCCCAAAGAGAGAGTTAATGTGTATGGGGATGGTAACGTCAAAG CGTTTTTTGTGGATGAAGATGATGTGGGAACATATACAATCAAATCAATCGEST: gi|29660599|gb|CB656874.1|CB656874
genomic: CCTCCCTCCCAAAGAGAGAGTTAATGTGTATGGGGATGGTAACGTCAAAGgtaaaaaagt ... ttatatgcagCGTTTTTTGTGGATGAAGATGATGTGGGAACATATACAATCAAATCAATCG
EST: CCTCCCTCCCAAAGAGAGAGTTAATGTGTATGGGGATGGTAACGTCAAAG CGTTTTTTGTGGATGAAGATGATGTGGGAACATATCCAATCAAATCAATCGEST: gi|25799331|gb|CA755292.1|CA755292
genomic: CCTCCCTCCCAAAGAGAGAGTTAATGTGTATGGGGATGGTAACGTCAAAGgtaaaaaagt ... ttatatgcagCGTTTTTTGTGGATGAAGATGATGTGGGAACATATACAATCAAATCAATCG
EST: CCTCCCTCCCANAGAGAGAGTTAATGTGTATGGGGATGGTAACGTCAAAG CGTTTTTTGTGGATGAAGATGATGT
genomic: CCTCCCTCCCAAAGAGAGAGTTAATGTGTATGGGGATGGTAACGTCAAAGgtaaaaaagt ... ttatatgcagCGTTTTTTGTGGATGAAGATGATGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AACTGCTTTGCTGCTTACTTCTGTCCTAATCTCAGCCAGCTGACCTCCTTCCTCCCTCCCAAAGAGAGAGTTAATGTGTATGGGGATGGTAACGTCAAAGgtaaaaaagttaattactccttgttccaaaaattactactaagatgtgacatatcctaattcaacgaatctagacatactattccttccatcccaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatccc