1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
AATGTCTTGTGTGAAGTGTGTGGAGATGTTGGTTGGGAAGAACTTATCTTGCACTGCAACAAATGCAAGAATGCAACTAGGCACCAgtatgtttacaagcctttcatttatatttcttatttctatggatgtttatcttttatctcaacaactaccaaacgaaacttgcttcttagtttatttatg...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g06130.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAAGAACTTATCTTGCACTGCAACAAATGCAAGAATGCAACTAGGCACCA ATACTGTTTTGATCCAGTTATTTATGATGGATCATTAGTAGAGTGGTTATGEST: gi|88352006|gb|CI626006.1|CI626006
genomic: GAAGAACTTATCTTGCACTGCAACAAATGCAAGAATGCAACTAGGCACCAgtatgtttac ... cgttttgtagATACTGTTTTGATCCAGTTATTTATGATGGATCATTAGTAGAGTGGTTATG
EST: GAAGAACTTATCTTGCACTGCAACAAATGCAAGAATGCAACTAGGCACCA ATACTGTTTTGATCCAGTTATTTATGATGGATCATTAGTAGAGTGGTTATGEST: gi|88357757|gb|CI625008.1|CI625008
genomic: GAAGAACTTATCTTGCACTGCAACAAATGCAAGAATGCAACTAGGCACCAgtatgtttac ... cgttttgtagATACTGTTTTGATCCAGTTATTTATGATGGATCATTAGTAGAGTGGTTATG
EST: GAAGAACTTATCTTGCACTGCAACAAATGCAAGAATGCAACTAGGCACCA ATACTGTTTTGATC-AGTTATTTATGATGGATCATTAGTAGAGTGGTTATG
genomic: GAAGAACTTATCTTGCACTGCAACAAATGCAAGAATGCAACTAGGCACCAgtatgtttac ... cgttttgtagATACTGTTTTGATCCAGTTATTTATGATGGATCATTAGTAGAGTGGTTATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AATGTCTTGTGTGAAGTGTGTGGAGATGTTGGTTGGGAAGAACTTATCTTGCACTGCAACAAATGCAAGAATGCAACTAGGCACCAgtatgtttacaagcctttcatttatatttcttatttctatggatgtttatcttttatctcaacaactaccaaacgaaacttgcttcttagtttatttatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA