Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTTGGTTGTGACCGTATACAATTATTGTTTTTGGAGCTGAGCGATCAGATGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCAgtaggaacctgagcagtatgttatcatttttcagttattgtctttttttttggtagttgaaattattttcattattgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g40550.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33676068|gb|CF304307.1|CF304307
EST:     TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCA                         AATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGT
genomic: TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCAgtaggaacct ... attattgcagAATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC
EST: gi|33689190|gb|CF317429.1|CF317429
EST:     TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCA                         AATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC
genomic: TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCAgtaggaacct ... attattgcagAATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC
EST: gi|88324905|gb|CI644916.1|CI644916
EST:     TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCA                         AATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC
genomic: TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCAgtaggaacct ... attattgcagAATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC
EST: gi|33674804|gb|CF303043.1|CF303043
EST:     TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCA                         AATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC
genomic: TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCAgtaggaacct ... attattgcagAATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC
EST: gi|2427258|gb|C71721.1|C71721
EST:     TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCA                         AATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC
genomic: TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCAgtaggaacct ... attattgcagAATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC
EST: gi|88398594|gb|CI598559.1|CI598559
EST:     TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGGGATGAACCA                         AATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCAGGTTTGG
genomic: TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCAgtaggaacct ... attattgcagAATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC
EST: gi|88399766|gb|CI585685.1|CI585685
EST:     TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCA                         AATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC
genomic: TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCAgtaggaacct ... attattgcagAATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC
EST: gi|88389558|gb|CI603057.1|CI603057
EST:     TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCA                         AATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC
genomic: TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCAgtaggaacct ... attattgcagAATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC
EST: gi|88445058|gb|CI589536.1|CI589536
EST:     TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCA                         AATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC
genomic: TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCAgtaggaacct ... attattgcagAATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC
EST: gi|218486399|gb|FG950830.1|FG950830
EST:     TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCA                         AATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC
genomic: TGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCAgtaggaacct ... attattgcagAATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 70 (downstream exon)
Score: 10

TGTTGGTTGTGACCGTATACAATTATTGTTTTTGGAGCTGAGCGATCAGATGCATGAGCCTTCCTTTTAAATGATCTGTGTCCACCATGGCGATGAACCAgtaggaacct ... attattgcagAATGCAGGAACTTCCCGCTTAATGGGCTGGATGCGTTGTATGCACGTTTGCAGTGACAAGAAGACATTGAAACGTTGGTTTTTTATTGACAAGAGGGTTG




<











<


<