Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGAATGAAGCTGTTATGCATTTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatctgcctatgcttcattctatttgattttcatttaccccagtatttcttgacttcctgttcctggtaactgcacatggacgaagttaaggat...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g33270.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g33270.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G134747_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
ATTGAATGAAGCTGTTATGCATTTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatctgcctatgcttcattc-tatttgattttcatttaccc-cagtatttcttgacttcctgttcctggtaact-gcacatggacgaagttaaggat
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||  |||||||||  |   | | || |  || |    | | |  | |||  |  | |      ||  | | | ||  |  | |||| |  |
ATTGAATGAAGCTGTTATGCATTTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATCATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagagat--accagtgcttcatttatgcataaattcctgttcctggtaatctggcatgaactattatgtgatatagttagtaaatccatta-gttatgatt

upper sequence: LOC_Os10g33270.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA10G00790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
ATTGAATGAAGCTGTTATGCATTTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatctgcctatgcttcattctatttgattttcatttaccccagtatttcttgacttcctgttcctggtaactgcacatggacgaagttaaggat-
 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |        ||  |    | | | | ||      | |        ||  |||   |  |  |     | |||  |  ||   | | | | |  | 
GTTGAATGAAGCTGTTATGCATTTTGGGGAGAGCATCAAAGAAATAATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGGATgtaagtttcaattacataatgatatatttctcatgaatgctcaagatgaagttgtttggtgtttttctatatatgacttgagttgagtgta-tcatgtttt

upper sequence: LOC_Os10g33270.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT3G23490.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
ATTGAATGAAGCTGTTATGCATTTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatctgcctatgcttcattctatttgattttcatttaccccagtatttcttgacttc-ctgttcctggtaactgcacatggacgaagttaaggat-
 ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||| | |||   | |  || | | | |    |||   ||     |  |  ||       ||  ||||  | | |        ||    |  ||    || 
GTTGAATGAAGCAGTGATGCATTTTGGTGAGAGTATAAAGGAGATTATCAATGAAGATTTTGGAGATGGCATgtaag-tttctatgt-tctttaagtatgtaaagtttgagttgtgatcgttgctttaaagggtcattgttagtagcatacttgtgtgattcattttgttcata

upper sequence: LOC_Os10g33270.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0049g01520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
ATTGAATGAAGCTGTTATGCATTTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagat------atctgcctatgcttcattctatttgattttcatttaccccagtatttcttgacttcctgttcctggtaactgcacatggacgaagttaaggat
|||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||         ||| || ||   ||  | |  |||     ||| |||    |    | ||      | ||| |||  ||| |    |   | || || |    
ATTGAATGAAGCCGTGATGCATTTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtctttttggtctcccaatttctctgtttgcttgccacacatgtacttttgagcctgtttgacaacggtttctgaaaacaggt--ttcccaaatttca----

upper sequence: LOC_Os10g33270.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S272_13V6.5 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
ATTGAATGAAGCTGTTATGCATTTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaag---atatctgcctatg--cttcattctatt--tgattttcatttaccc-----cagtatttcttgact-tcctgttcctggtaactgcacatggacgaagttaaggat--------------------------------------------------------------------
  || | |||||   | | ||||  || || ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || |||||||   || ||  | || |  | |  ||| | |  || |||  || |||       ||| | |||   | | |  ||   |||   ||||||    | |    || | | |                                                                    
GCTGCACGAAGCGACTGTACATTACGGCGAAAGCATCAAGGATATCATCAATGAAGAGTTTGGTGACGGCATgtaagtaaatctcatcttaagagcatagttcgaatgttggtttctatgtacatacagtcagaagttcacaaatgtaatgacgctgt--actgcaacgtgtctggcttgatgctgtcacagcctgtaaaattgctggaaacggataatcccactaatatatgtttcaactggcgatctgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86484118|gb|CI126751.1|CI126751
EST:     TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|87010351|gb|CI281241.1|CI281241
EST:     TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|88527082|gb|CI455199.1|CI455199
EST:     CAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATTTCAGCTATAGACTTTTACTGTTCGNTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: CAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|88537579|gb|CI466540.1|CI466540
EST:     CAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAAACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: CAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|86535937|gb|CI176143.1|CI176143
EST:     TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|88513993|gb|CI441499.1|CI441499
EST:     GAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTGTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: GAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|11025781|gb|AU162382.1|AU162382
EST:     TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|88514379|gb|CI441885.1|CI441885
EST:     TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|86254024|gb|CI058751.1|CI058751
EST:     TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|25798783|gb|CA754744.1|CA754744
EST:     TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CGTGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|58693386|gb|CK082073.1|CK082073
EST:     TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAATTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|88463661|gb|CI696136.1|CI696136
EST:     TTGGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|427738|gb|D23873.1|D23873
EST:     TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|88578606|gb|CI687547.1|CI687547
EST:     TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|88514316|gb|CI441822.1|CI441822
EST:     TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|88979062|gb|CI025570.1|CI025570
EST:     TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|86418185|gb|CI032394.1|CI032394
EST:     TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|88998125|gb|CI038010.1|CI038010
EST:     TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|88545694|gb|CI475273.1|CI475273
EST:     ATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: ATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|86855243|gb|CI265169.1|CI265169
EST:     TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
EST: gi|86533060|gb|CI173266.1|CI173266
EST:     TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAAT                         CATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA
genomic: TTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 72 (upstream exon), 70 (downstream exon)
Score: 45

ATTGAATGAAGCTGTTATGCATTTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatc ... cctaatgcagCATGTCAGCTATAGACTTCTACTGTTCGGTTGACAAGGTACAAGGTGCTGATGGAAAAGATCGCGTGGTGGTCACATTTGATGGGAAATATCTTCCTTAC




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATTGAATGAAGCTGTTATGCATTTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagatatctgcctatgcttcattctatttgattttcatttaccccagtatttcttgacttcctgttcctggtaactgcacatggacgaagttaaggat

- - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - -  AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA