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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCGATGTGTGCTGCTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatttagatgttcttttttttgctttgtttgctcataaccatggtttcacattatcttaaatgatgtgattatggtttggctagaagctaatctcatctctttcataatctacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g08550.3
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g08550.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G048371_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
GTCGATGTGTGCTGCTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatttag--atgttcttttttttgctttgtttgctcata-accatggtttcacattatcttaaatgatgtgattatggtttgg--ctagaagctaatctcatctctttca-taatctacag--------------------
||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||  | ||  |  || |  | || |||||   |  | | || ||||  |   |  |  || |  |||  | |    ||  | |   |||| || |||| || ||    | ||                    
GTCGACGTGTTTTGCTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCAGCTGTTCCCAGTGGAGCATCAACTGgtgggttattttggaataatattagtagtgttcaggttactcatttgcttttgctttacatctttccatgttttgagcatatcctctaatccttaaggtctatcttatgtcttgcagtagctgatagtgatgttgtcctgtttacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88330898|gb|CI638306.1|CI638306
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|86902674|gb|CI306477.1|CI306477
EST:     CTCAGATNGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATAAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88349923|gb|CI634458.1|CI634458
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88391057|gb|CI592965.1|CI592965
EST:     TCAGATGGAACCCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: TCAGATGGAA-CCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|4878569|gb|AU062868.1|AU062868
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCGGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|117224917|gb|CT845976.1|CT845976
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|29688336|gb|CB684611.1|CB684611
EST:     TCAGATGGAACCTCTT-CAAAGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: TCAGATGGAACCT-TTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|58687518|gb|CK076205.1|CK076205
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|58607766|gb|CK035799.1|CK035799
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|58601045|gb|CK011573.1|CK011573
EST:     CCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
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EST: gi|58604220|gb|CK014748.1|CK014748
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACGG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|29632827|gb|CB637836.1|CB637836
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88392553|gb|CI625375.1|CI625375
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|58603547|gb|CK014075.1|CK014075
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
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EST: gi|11610421|gb|AU166097.1|AU166097
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|58669799|gb|CK058485.1|CK058485
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|29656140|gb|CB652415.1|CB652415
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCGAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|58654310|gb|CK042990.1|CK042990
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|29678862|gb|CB675137.1|CB675137
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88355168|gb|CI651871.1|CI651871
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88407411|gb|CI583869.1|CI583869
EST:     TCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGA
genomic: TCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACT-Ggtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGA
EST: gi|33654264|gb|CF276878.1|CF276878
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|58687904|gb|CK076591.1|CK076591
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|87015580|gb|CI303186.1|CI303186
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|10930989|gb|AU161263.1|AU161263
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|55432653|gb|CV729347.1|CV729347
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
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EST: gi|86909386|gb|CI304648.1|CI304648
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
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EST: gi|88716825|gb|CI740335.1|CI740335
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|58600775|gb|CK011303.1|CK011303
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATGACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88306358|gb|CI638141.1|CI638141
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88392366|gb|CI612840.1|CI612840
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|5003422|gb|AU068571.1|AU068571
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGATGGACAGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|11565245|gb|AU165881.1|AU165881
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88693278|gb|CI736853.1|CI736853
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
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EST: gi|29644081|gb|CB649088.1|CB649088
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|7219930|gb|AU062421.2|AU062421
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|56157731|gb|C26076.2|C26076
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88725267|gb|CI748526.1|CI748526
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
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EST: gi|13919340|gb|AU183583.1|AU183583
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88744744|gb|CI768104.1|CI768104
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88392719|gb|CI623950.1|CI623950
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTACATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88350288|gb|CI623226.1|CI623226
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|4880053|gb|AU064352.1|AU064352
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGGATCTGATTACTTGGGA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGG-ATCTGATTACTTGGGA
EST: gi|29679887|gb|CB676162.1|CB676162
EST:     CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTG                         GTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatt ... taatctacagGTGTCTATGAAGCTCTCGAATTGAGGGACGGTGGATCTGATTACTTGGGAA
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCGATGTGTGCTGCTCAGATGGAACCTTTGCAAGGGCTGCAGTTCCCAGTGGTGCATCAACTGgtgggttatttagatgttcttttttttgctttgtttgctcataaccatggtttcacattatcttaaatgatgtgattatggtttggctagaagctaatctcatctctttcataatctacag

- - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG