Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTATATGCTATAAATTCCTTTGTTGGTCTTCTGGATATCAAGGGAAGCAAAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtccttttgggttaaccacattcttgcacccaatgccgagattcactaaccttctctctttgtttcactatgtag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g32230.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g32230.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G025242_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
CTTATATGCTATAAATTCCTTTGTTGGTCTTCTGGATATCAAGGGAAGCAAAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcct-tttgggttaaccacattcttgca---cccaatgccga-----gattcactaac-cttctctctttgtttca-ctatgtag
  |||| |||||   |||||| || |||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||  |   |  ||||  |        ||||||||| ||| | | ||  |||||  |||| ||
ACTATACGCTATCTCTTCCTTCGTGGGTCTTCTTGATATCCAGGGTAGCAAGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttctttgggtcaaccatattcttataggcctaaatgaagcttgctatttcactaacacttgtattttcctttcaattatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88340318|gb|CI652667.1|CI652667
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAG
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAG
EST: gi|88407261|gb|CI583719.1|CI583719
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAG
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAG
EST: gi|88336969|gb|CI627049.1|CI627049
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTG
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTG
EST: gi|88290668|gb|CI667041.1|CI667041
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTAT
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTAT
EST: gi|88372649|gb|CI612577.1|CI612577
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGAT
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGAT
EST: gi|88332127|gb|CI643544.1|CI643544
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACT
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACT
EST: gi|115595411|gb|CT845119.1|CT845119
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT
EST: gi|33691746|gb|CF319985.1|CF319985
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT
EST: gi|88349134|gb|CI678104.1|CI678104
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTNTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT
EST: gi|88576604|gb|CI670749.1|CI670749
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTG
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTG
EST: gi|33680754|gb|CF308993.1|CF308993
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTAT
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGG-CACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTAT
EST: gi|88395933|gb|CI593135.1|CI593135
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATA
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATA
EST: gi|88317045|gb|CI625682.1|CI625682
EST:     AACATTTTTCACCTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGA
genomic: AACATTTTTCAC-TTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGA
EST: gi|88306539|gb|CI671291.1|CI671291
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATAT
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATAT
EST: gi|88359188|gb|CI617853.1|CI617853
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGGTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT
EST: gi|58686677|gb|CK075364.1|CK075364
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT
EST: gi|88356004|gb|CI653414.1|CI653414
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTA
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTA
EST: gi|88299408|gb|CI572360.1|CI572360
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAAT
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAAT
EST: gi|33682368|gb|CF310607.1|CF310607
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT
EST: gi|88337021|gb|CI627101.1|CI627101
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT
EST: gi|88321822|gb|CI672967.1|CI672967
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT
EST: gi|88382289|gb|CI633147.1|CI633147
EST:     AAACATTTNTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGG
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGG
EST: gi|88575753|gb|CI669898.1|CI669898
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGA
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGA
EST: gi|88349796|gb|CI634331.1|CI634331
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAAT
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAAT
EST: gi|88344299|gb|CI655693.1|CI655693
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACA
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACA
EST: gi|88345792|gb|CI631060.1|CI631060
EST:     AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTG                         GCTATGGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT
genomic: AAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtcctt ... cactatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTTATATGCTATAAATTCCTTTGTTGGTCTTCTGGATATCAAGGGAAGCAAAACATTTTTCACTTTCTTGGATGCTGTCAAAGAATGCTACGAGGCACTGgtgagtccttttgggttaaccacattcttgcacccaatgccgagattcactaaccttctctctttgtttcactatgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA