1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
TCATGGCGGGAATGGCACCAGAGGGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatcttatactgatacgttttatctcagccatcattgtgtacggcaatgtctgtctatttcctgtacaggatctaccgcttactgggtagtcttttaatgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g48750.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|29681409|gb|CB677684.1|CB677684
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|58662423|gb|CK051109.1|CK051109
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|58670875|gb|CK059561.1|CK059561
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|58692318|gb|CK081005.1|CK081005
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|29617450|gb|CB622462.1|CB622462
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|27554015|gb|CA997915.1|CA997915
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGATCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGTEST: gi|218497636|gb|FG960442.1|FG960442
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAG-TTGATGCTAAGCACTATGA-TCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAG-TCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|88696339|gb|CI739914.1|CI739914
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|29634490|gb|CB639499.1|CB639499
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|29618198|gb|CB623210.1|CB623210
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|58685069|gb|CK073756.1|CK073756
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|58694481|gb|CK083168.1|CK083168
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: CTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|29666501|gb|CB662776.1|CB662776
genomic: CTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTGATGATGAAGTTCATGAEST: gi|58681442|gb|CK070129.1|CK070129
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|58659178|gb|CK047858.1|CK047858
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|29681779|gb|CB678054.1|CB678054
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|56158541|gb|AU094758.2|AU094758
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCAC--TCATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGATGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGEST: gi|58652969|gb|CK041649.1|CK041649
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGA-GGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATG
EST: GGATCCCAGTTNGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|29657788|gb|CB654063.1|CB654063
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|29617425|gb|CB622437.1|CB622437
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|86891788|gb|CI310020.1|CI310020
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|58596902|gb|CK007430.1|CK007430
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCAGGTGCTTATGATGAAGTTCATGEST: gi|29683861|gb|CB680136.1|CB680136
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACAT-CTTATGATGAAGTTCATG
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|29687377|gb|CB683652.1|CB683652
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|58690915|gb|CK079602.1|CK079602
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|29657751|gb|CB654026.1|CB654026
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|58660365|gb|CK049045.1|CK049045
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|58677625|gb|CK066312.1|CK066312
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|58662665|gb|CK051351.1|CK051351
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|58608944|gb|CK036977.1|CK036977
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|58657174|gb|CK045854.1|CK045854
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGAGGGGGTTCATGAEST: gi|29664636|gb|CB660911.1|CB660911
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|218485882|gb|FG950582.1|FG950582
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|86829570|gb|CI286756.1|CI286756
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: AGCACTATG--TCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|58686621|gb|CK075308.1|CK075308
genomic: AGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|29666236|gb|CB662511.1|CB662511
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAEST: gi|29666235|gb|CB662510.1|CB662510
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
EST: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCT GAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
genomic: GGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatc ... tttaatgcagGAACCAAGGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCATGGCGGGAATGGCACCAGAGGGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatcttatactgatacgttttatctcagccatcattgtgtacggcaatgtctgtctatttcctgtacaggatctaccgcttactgggtagtcttttaatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT