Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGTTGAGCTAGAATGGGAGTGGCAGGGCACAATGATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgtctcttccaatgttcttttgtatgtgtgctttataatgactggaactaaggatagcagcaagccattttagttccctatctacaccatagcatctgtgcaacgaaaagttatatgagtagtgcataggattggacaagtgactgactagtgtcatttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g40840.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g40840.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G112337_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GTTGTTGAGCTAGAATGGGAGTGGCAGGGCACAATGATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgtctcttccaatgttcttttgtatgtgtgctttataatgactggaactaaggatagcagcaagccattttagttccctatctacaccatagcatctgtgcaacgaaaagttatatgagtagtgcataggattggacaagtgactgactagtgtcatttcag
| || ||||  | ||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||    ||      || ||    || |     | ||||  |       ||    |   |   |  | |||  ||  ||      |    | | | ||  | |                                                            
GCTGCTGAGTGAAAATGGGAGTGGCAGGTCACAACGATCCATTGTTAGGTGAAACGACATGTGGGTCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgc-tctgctagttttgggattgtt---catattcaagtaataaaaata-----tatttctcctatttattcttttaggtcaccaggtcgcgggttcgaaacttcgaa------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88733536|gb|CI756713.1|CI756713
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
EST: gi|88343226|gb|CI627186.1|CI627186
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
EST: gi|88732075|gb|CI757252.1|CI757252
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
EST: gi|88393215|gb|CI616699.1|CI616699
EST:     ATCCTTTGATAGGTGTAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
EST: gi|88363588|gb|CI618149.1|CI618149
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
EST: gi|88694716|gb|CI738754.1|CI738754
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
EST: gi|95100601|gb|CI692304.1|CI692304
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
EST: gi|88576964|gb|CI673507.1|CI673507
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
EST: gi|88761027|gb|CI770583.1|CI770583
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
EST: gi|88827256|gb|CI777821.1|CI777821
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
EST: gi|88404901|gb|CI685335.1|CI685335
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
EST: gi|88393688|gb|CI621183.1|CI621183
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
EST: gi|88386526|gb|CI575304.1|CI575304
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGGAACTTCTG                         TCGACTATGGGATGAGGTTGGT
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGA-TATGGGATGAGGTTGGT
EST: gi|88577500|gb|CI674092.1|CI674092
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
EST: gi|88590104|gb|CI708933.1|CI708933
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
EST: gi|88381767|gb|CI682440.1|CI682440
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
EST: gi|88394161|gb|CI684833.1|CI684833
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCCACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTCGGTGAAAGCGATGAAGACCGCGACAAGATGTNA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
EST: gi|32948220|gb|BP184792.1|BP184792
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
EST: gi|88315674|gb|CI615546.1|CI615546
EST:     ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAG                         TTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA
genomic: ATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 70 (upstream exon), 66 (downstream exon)
Score: 7

GTTGTTGAGCTAGAATGGGAGTGGCAGGGCACAATGATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgt ... gtcatttcagTTGATATGGGATGAGGTTGGTGAAAGCGATGAAGACCGTGACAAGATGTTACTTCAGCTAGAACAAGAATGCTTGGATGTTTACAGGAGAAAGGTTGATC




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGTTGAGCTAGAATGGGAGTGGCAGGGCACAATGATCCTTTGATAGGTGAAACGACATGTGGATCTTTGCTGCAGCAACTTCAGgtgcctttgtctcttccaatgttcttttgtatgtgtgctttataatgactggaactaaggatagcagcaagccattttagttccctatctacaccatagcatctgtgcaacgaaaagttatatgagtagtgcataggattggacaagtgactgactagtgtcatttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG