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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGGGGAGATTGGCGTCGGCACTCCGCCGCAGAAATTCACCGTCATCTTCGACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccctgttcgatgcactggtcaaggggaattctcccaagagtcttgttgcgattgcgacctgtgctaatggtggatttttttttccttgtggcgattgatgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g49200.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G102933_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
CGGGGAGATTGGCGTCGGCACTCCGCCGCAGAAATTCACCGTCATCTTCGACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccctgttcgatgcactggtcaaggggaattctcccaagagtcttgttgcgattgcgacct-gtgctaatggtggattttt---ttttccttgtggcgat-tgatgcag
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TGGGGAGATCGGCGTCGGGACGCCGCCGCAGAAGTTCACCGTCATCTTCGACACCGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCCTCCAAGTGCTATTTCTCGgtgcgtcctcgtccgtt-ccttcgcctcgtcgaggttttttaagggtctggctgtgttttttttttcgtgctaagactggacactggagtgtgtttttcggttatgtgatgcag

upper sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G065757_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
CGGGGAGATTGGCGTCGGCACTCCGCCGCAGAAATTCACCGTCATCTTCGACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccctgttcgatgcactggtcaaggggaattctcccaagagtcttgttgcgattgcgacctgtgctaatggtggatttttttttccttgtggcgattgatgcag
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TGGGGAGATCGGCGTCGGCTCGCCGCAGCAGAAGTTCACCGTCATCTTCGACACCGGCAGTTCCAACCTCTGGGTGCCGTCCTCCAAGTGCTACTTCTCGgtgcgtcctggttcctccccttgcctggccgaggttttcctttt--tcaggacttggatgtgttttgcgctaacactggagtgtgcttttgtgctgatg--tgatgcag

upper sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
lower sequence: Vv10s0116g01210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
CGGGGAGATTGGCGTCGGCACTCCGCCGCAGAAATTCACCGTCATCTTCGACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccctgt-tcgatgcactggtcaaggggaattctcccaagagtcttgttgcgattgcgacctg--tgctaatggtggattttt------ttttccttgtggcgatt-gatgcag
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TGGTGAAATTGGTATTGGTACTCCCCCTCAAACGTTCACTGTAATCTTTGACACTGGTAGCTCAAACCTGTGGGTTCCATCATCCAAGTGCTATTTCTCGgtgagcttccatatttctgtggaatgtgacaatatgttagtgaacatttttttttccatttcaagttggttggaagcaagagaatcatcatgtgtttgaattttgtcattttggtgcag

upper sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
lower sequence: PP1S93_73V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
CGGGGAGATTGGCGTCGGCACTCCGCCGCAGAAATTCACCGTCATCTTCGACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccctgttcgatgcactggtcaaggggaattctcccaagagtcttgttgcgattgcg--acctgtgctaatggtggatttttttttccttgtggcgattgatgcag-
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CGGAGAGATCGGAATAGGGTCGCCTCCCCAGCCCTTCGCTGTCATCTTCGACACCGGGAGCTCCAATCTCTGGGTCCCGTCTGCCAAGTGCTACTTGTCGgtgcgtttctccttgggatggttattaa--------ttcct--gggttcagttggtggcgcatcattcatgccgctgtttg--tggtcagaaaccgtagctgatcatgtgtc

upper sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
lower sequence: PP1S113_31V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
CGGGGAGATTGGCGTCGGCACTCCGCCGCAGAAATTCACCGTCATCTTCGACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccctgttcgatgcactggtcaaggggaattctcccaagagtcttgttgcgattgcgacctgtgctaatggtggatttttttt-tccttgtggcgattgatgcag
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CGGAGAGATCGGCATTGGGTCGCCTCCTCAGCCTTTTTCCGTCATTTTTGACACCGGGAGCTCCAACCTCTGGGTCCCCTCTGCCAAGTGCTACTTGTCGgtgcgtttctaat---tgtggttgttttgtggg-ttgtctcgattggactg----agctactttaggtactagttgtggctttcgtgtgtaatcctgggaaagggggt--

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13165545|gb|AU174342.1|AU174342
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|25800141|gb|CA756102.1|CA756102
EST:     ACACTGGCAGCTCCNACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACNAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29669082|gb|CB665357.1|CB665357
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58671799|gb|CK060485.1|CK060485
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29664332|gb|CB660607.1|CB660607
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58672084|gb|CK060770.1|CK060770
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58673918|gb|CK062604.1|CK062604
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|88420760|gb|CI564596.1|CI564596
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGC-AAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAG
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAG
EST: gi|14191705|gb|AU183916.1|AU183916
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGC
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGC
EST: gi|88401416|gb|CI585972.1|CI585972
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTT
EST: gi|58600889|gb|CK011417.1|CK011417
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|88449959|gb|CI572090.1|CI572090
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGC-GTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCC
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCC
EST: gi|58666154|gb|CK054840.1|CK054840
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAAGTCGAGCACTTA
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACA-GTCGAGCACTTA
EST: gi|58656789|gb|CK045469.1|CK045469
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGCGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58597788|gb|CK008316.1|CK008316
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29681831|gb|CB678106.1|CB678106
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29675128|gb|CB671403.1|CB671403
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|88385492|gb|CI564152.1|CI564152
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|117249803|gb|CT863399.1|CT863399
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|88315600|gb|CI615472.1|CI615472
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGGTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTT
EST: gi|58658759|gb|CK047439.1|CK047439
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|88362287|gb|CI608678.1|CI608678
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCG
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCG
EST: gi|29657722|gb|CB653997.1|CB653997
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|88404511|gb|CI580947.1|CI580947
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTC
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTC
EST: gi|29687486|gb|CB683761.1|CB683761
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29642551|gb|CB647558.1|CB647558
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58595938|gb|CK006466.1|CK006466
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGT
EST: gi|88370522|gb|CI590100.1|CI590100
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTC
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTC
EST: gi|58670333|gb|CK059019.1|CK059019
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|12404722|gb|AU166323.1|AU166323
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTT
EST: gi|38568602|gb|CD670817.1|CD670817
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCT-TGGGTGCCGT-GGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|88395154|gb|CI609470.1|CI609470
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGC-GTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCT
EST: gi|88315177|gb|CI611841.1|CI611841
EST:     ACAATGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGC-GTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCG
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCG
EST: gi|88743242|gb|CI766750.1|CI766750
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTT
EST: gi|88314612|gb|CI606680.1|CI606680
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCT
EST: gi|29643320|gb|CB648327.1|CB648327
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29660989|gb|CB657264.1|CB657264
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29627821|gb|CB632832.1|CB632832
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58668447|gb|CK057133.1|CK057133
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CGGGGAGATTGGCGTCGGCACTCCGCCGCAGAAATTCACCGTCATCTTCGACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccctgttcgatgcactggtcaaggggaattctcccaagagtcttgttgcgattgcgacctgtgctaatggtggatttttttttccttgtggcgattgatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC