Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTATAAGTACAAAGCAGAACTACTTGTTAAGGACTACCTGCTAGCAGATTCGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcacttctgactctcacttttctgttaattatcatcattctactgtgtacctgtgcaataacatgttcatagttgtgcgtatgtgtatactcaa...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g43540.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14192049|gb|AU184260.1|AU184260
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|33691826|gb|CF320065.1|CF320065
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTNTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|87017390|gb|CI287930.1|CI287930
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88396750|gb|CI620083.1|CI620083
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88744411|gb|CI767771.1|CI767771
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88738580|gb|CI762088.1|CI762088
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88732544|gb|CI755721.1|CI755721
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88299491|gb|CI574604.1|CI574604
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88733324|gb|CI756501.1|CI756501
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88324944|gb|CI644955.1|CI644955
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88731489|gb|CI755102.1|CI755102
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88317525|gb|CI672101.1|CI672101
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88362871|gb|CI614227.1|CI614227
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|29666719|gb|CB662994.1|CB662994
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|11544398|gb|BF475216.1|BF475216
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88724208|gb|CI747467.1|CI747467
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88407568|gb|CI586409.1|CI586409
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88732137|gb|CI757314.1|CI757314
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88386133|gb|CI570768.1|CI570768
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGGGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88377308|gb|CI600463.1|CI600463
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88592808|gb|CI710936.1|CI710936
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88402501|gb|CI598728.1|CI598728
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88406052|gb|CI593832.1|CI593832
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|66920779|gb|CX107627.1|CX107627
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
EST: gi|88311212|gb|CI570286.1|CI570286
EST:     CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATCCTGATGTGCAAGTTG                         TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT
genomic: CGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 67 (downstream exon)
Score: 34

CTATAAGTACAAAGCAGAACTACTTGTTAAGGACTACCTGCTAGCAGATTCGTATGTTCCATACGCTTCTGTGCTTGGCGGAATTCTGATGTGCAAGTTGgtaatgtcac ... gctagctcagTCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAG




<











<


<