1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
TTATTTTCGTGGATTCACCTTGGAACTTCAGAACGAATCTTCCTGATATTTTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAGgtacatttacatgctcaattcagccatcgtggtgttggcggtgttcataaccatttttgttttcctttggacaaactgaatatttgctgagctgcagttttatgcatcttacattgtatgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g36070.2 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAG GTTTGAGCTTGGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTEST: gi|88430529|gb|CI569552.1|CI569552
genomic: TGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAGgtacatttac ... ttgtatgcagGTTTGAGCTT-GGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTT
EST: TTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAG GTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTAEST: gi|29625862|gb|CB630873.1|CB630873
genomic: TTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAGgtacatttac ... ttgtatgcagGTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTA
EST: TTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAG GTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTAEST: gi|29623040|gb|CB628051.1|CB628051
genomic: TTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAGgtacatttac ... ttgtatgcagGTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTA
EST: TTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAG GTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTAEST: gi|58656513|gb|CK045193.1|CK045193
genomic: TTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAGgtacatttac ... ttgtatgcagGTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTA
EST: CCGTGACGAGGTGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAG GTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTAEST: gi|88725058|gb|CI748317.1|CI748317
genomic: CCGTGAC-A-ATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAGgtacatttac ... ttgtatgcagGTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTA
EST: TTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAG GTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTAEST: gi|29623038|gb|CB628049.1|CB628049
genomic: TTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAGgtacatttac ... ttgtatgcagGTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTA
EST: TTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAG GTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTAEST: gi|319908628|gb|HS977756.1|HS977756
genomic: TTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAGgtacatttac ... ttgtatgcagGTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTA
EST: TTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAG GTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTAEST: gi|88395446|gb|CI612968.1|CI612968
genomic: TTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAGgtacatttac ... ttgtatgcagGTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTA
EST: TTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAG GTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTAEST: gi|58662178|gb|CK050858.1|CK050858
genomic: TTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAGgtacatttac ... ttgtatgcagGTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTA
EST: TTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAG GTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTAEST: gi|88395445|gb|CI612967.1|CI612967
genomic: TTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAGgtacatttac ... ttgtatgcagGTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTA
EST: TTCCGTGACAATGAAAATACATGAGAGAGCTGC-AATTTGGCTCTTGCCG GTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTA
genomic: TTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAGgtacatttac ... ttgtatgcagGTTTGAGCTTGGCTCCACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTATTTTCGTGGATTCACCTTGGAACTTCAGAACGAATCTTCCTGATATTTTCCGTGACAATGAAAACACATGAGAGAGCTGCCAATTTGGCTCTTGCAGgtacatttacatgctcaattcagccatcgtggtgttggcggtgttcataaccatttttgttttcctttggacaaactgaatatttgctgagctgcagttttatgcatcttacattgtatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC