Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTGTATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctcttgcaacgatgccttgatcctgatatagcttacttgaattgcggtgccttggagtttgggggtgataaattgtatttttgttcccgtcatgctttag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g46740.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88339807|gb|CI649064.1|CI649064
EST:     TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAG                         AGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
genomic: TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctctt ... catgctttagAGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
EST: gi|58677591|gb|CK066278.1|CK066278
EST:     TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAG                         AGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
genomic: TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctctt ... catgctttagAGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
EST: gi|88326323|gb|CI660146.1|CI660146
EST:     TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAG                         AGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
genomic: TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctctt ... catgctttagAGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
EST: gi|88413348|gb|CI581363.1|CI581363
EST:     TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAG                         AGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
genomic: TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctctt ... catgctttagAGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
EST: gi|88406435|gb|CI598928.1|CI598928
EST:     TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAG                         AGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
genomic: TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctctt ... catgctttagAGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
EST: gi|88740828|gb|CI763343.1|CI763343
EST:     TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAG                         AGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
genomic: TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctctt ... catgctttagAGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
EST: gi|88720833|gb|CI744132.1|CI744132
EST:     TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAG                         AGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
genomic: TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctctt ... catgctttagAGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
EST: gi|88729886|gb|CI753107.1|CI753107
EST:     TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAG                         AGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATGGGCGATGAT
genomic: TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctctt ... catgctttagAGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
EST: gi|58693286|gb|CK081973.1|CK081973
EST:     TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAG                         AGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
genomic: TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctctt ... catgctttagAGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
EST: gi|226698432|gb|GO497010.1|GO497010
EST:     TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGCCAATGCAGAGAATCTGCGTGAG                         AGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAAT-GGCAGATNTGGCGATGA
genomic: TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctctt ... catgctttagAGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGAT-TGGCGATGA
EST: gi|29620621|gb|CB625632.1|CB625632
EST:     TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAG                         AGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
genomic: TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctctt ... catgctttagAGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
EST: gi|88307368|gb|CI642011.1|CI642011
EST:     TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAG                         AGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
genomic: TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctctt ... catgctttagAGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
EST: gi|58693740|gb|CK082427.1|CK082427
EST:     TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAG                         AGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
genomic: TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctctt ... catgctttagAGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
EST: gi|58672683|gb|CK061369.1|CK061369
EST:     TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAG                         AGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
genomic: TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctctt ... catgctttagAGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
EST: gi|218505243|gb|FG948331.1|FG948331
EST:     TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAG                         AGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
genomic: TATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctctt ... catgctttagAGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
EST: gi|58592609|gb|CF990917.1|CF990917
EST:     ATCTGCTACCAGGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAG                         AGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT
genomic: ATCTGCTACCA-GGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctctt ... catgctttagAGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 67 (upstream exon), 66 (downstream exon)
Score: 17

GTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTGTATCTGCTACCAGGAGTCCTGGCTTGGGCAATGCAGAGAATCTGCGTGAGgtatgctctt ... catgctttagAGTCCAAGCTTGTCAAGGAGCTGGGGTATGAATGGGCAGATTGGCGATGATCATGATATTCTTATAGAATGTAGGGATGTGCACAAATCCTTCGGTAACA




<











<


<