Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttccttgtacaataaaaattacatgtgcaaatgtgatattttgtacacacattaaagttgaactgatccctttattcttattcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g38000.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g38000.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G099352_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagt---tccttgtacaataaaaattacatgtgcaaatgtgatattttgtacacacattaaagttgaactgatccctttattcttattcag
||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    | ||||||  |    |  |||||| ||  ||      || ||  |  |||       |   |  || ||||     ||  |||
GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttcctttgtact-tcctgagaacatgttcatttg------ttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaaaataa-cag

upper sequence: LOC_Os03g38000.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
---------------------------------------------GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagt---tccttgtacaataaaaattacatgtgcaaatgtgatattttgtacacacattaaagttgaactgatccctttattcttattcag
                                             ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    | ||||||  |    |  |||||| ||  ||      || ||  |  |||       |   |  || ||||     ||  |||
CAGTTAGTCCAGTTCCCGCTACTGACACGCGTGTTTCCTGGCCAGGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttcctttgtact-tcctgagaacatgttcatttg------ttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaaaataa-cag

upper sequence: LOC_Os03g38000.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G074300_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttc-cttgtacaataaaaattacatgtgcaaatg-tgatattttgtacacacattaaagttgaactgatccctttattcttattcag
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | | ||| || ||  |      ||| ||  |  ||||  || ||  |  |||    || || | |     ||| |||| || |||
GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctcctgtgcactatgagg-gtctgttcattttctgatgattggtgaatgcat----gtcga-cagccttatttgttctaatacag

upper sequence: LOC_Os03g38000.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
---------------------------------------------GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttc-cttgtacaataaaaattacatgtgcaaatg-tgatattttgtacacacattaaagttgaactgatccctttattcttattcag
                                             ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | | ||| || ||  |      ||| ||  |  ||||  || ||  |  |||    || || | |     ||| |||| || |||
CAGTTAGTCTAGTTCTCCTTACTAACATGCTTGTTTTGTCGGCAGGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctcctgtgcactatgagg-gtctgttcattttctgatgattggtgaatgcat----gtcga-cagccttatttgttctaatacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58030378|gb|CX727921.1|CX727921
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|15849611|gb|BI797887.1|BI797887
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAA-GGTTGTGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|58595924|gb|CK006452.1|CK006452
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|86828601|gb|CI278685.1|CI278685
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|87034012|gb|CI188636.1|CI188636
EST:     GGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|58595843|gb|CK006371.1|CK006371
EST:     TCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: TCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|218482036|gb|FG948470.1|FG948470
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAG
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAG
EST: gi|88204263|gb|CI204112.1|CI204112
EST:     GAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|87013765|gb|CI269264.1|CI269264
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|88201939|gb|CI202294.1|CI202294
EST:     GTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|11172968|gb|AU164547.1|AU164547
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|88843729|gb|CI010987.1|CI010987
EST:     TCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: TCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|88241379|gb|CI241228.1|CI241228
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|8528091|gb|AU092906.1|AU092906
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|88985689|gb|CI016398.1|CI016398
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|8335471|gb|BE040403.1|BE040403
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|218486580|gb|FG956236.1|FG956236
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCTAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|86543788|gb|CI183994.1|CI183994
EST:     GGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|86415531|gb|CI029542.1|CI029542
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|86601679|gb|CI256184.1|CI256184
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|29627971|gb|CB632982.1|CB632982
EST:     GGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|87033601|gb|CI188225.1|CI188225
EST:     TGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: TGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|86824266|gb|CI260850.1|CI260850
EST:     GAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|10931076|gb|AU161350.1|AU161350
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|218480141|gb|FG948348.1|FG948348
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|87034171|gb|CI188795.1|CI188795
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|569981|gb|D40830.1|D40830
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCNAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|86543107|gb|CI183313.1|CI183313
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|88224554|gb|CI222734.1|CI222734
EST:     GAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|33816742|gb|CF334205.1|CF334205
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|88204708|gb|CI204557.1|CI204557
EST:     GAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|218480755|gb|FG967531.1|FG967531
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|86507134|gb|CI149767.1|CI149767
EST:     GTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|58600313|gb|CK010841.1|CK010841
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|89199007|gb|CI253081.1|CI253081
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|87036915|gb|CI191537.1|CI191537
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|88217288|gb|CI217137.1|CI217137
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|29625162|gb|CB630173.1|CB630173
EST:     CTTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCACGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: C-TATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|86854809|gb|CI260879.1|CI260879
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|86509526|gb|CI152159.1|CI152159
EST:     AGTGGTGCCAAGGTTTGCGAG                         GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: AGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|426373|gb|D22236.1|D22236
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTNCNAG                         GTCATTAGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCAT
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATT-GTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 55 (downstream exon)
Score: 253

GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTCAATGAGTACATTG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttccttgtacaataaaaattacatgtgcaaatgtgatattttgtacacacattaaagttgaactgatccctttattcttattcag

- - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA