Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGATATTTGCTGCTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtttgtttatcagcaacttcttttccctactgtggttctagccttgatgcatctggttaattgaaccaacttagtttttgatagtccttttcagcttatatcaactatatggaaagcttcgggtgacaattttattagttagaaagtgaactgatgctattttctgctacactatag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g14450.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88426468|gb|CI576710.1|CI576710
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88301205|gb|CI594731.1|CI594731
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|58661980|gb|CK050660.1|CK050660
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGTTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|5701699|gb|AU063506.2|AU063506
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88695201|gb|CI739239.1|CI739239
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|13895987|gb|AU182323.1|AU182323
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88351968|gb|CI625968.1|CI625968
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|117233450|gb|CT848145.1|CT848145
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGTTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88352980|gb|CI630158.1|CI630158
EST:     TCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGGATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: TCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGC-GGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88315321|gb|CI613590.1|CI613590
EST:     GTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGGGCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|4878131|gb|AU062430.1|AU062430
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88427267|gb|CI586815.1|CI586815
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88430123|gb|CI565136.1|CI565136
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|27553945|gb|CA997845.1|CA997845
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|29678593|gb|CB674868.1|CB674868
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88744176|gb|CI767536.1|CI767536
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88443516|gb|CI596983.1|CI596983
EST:     CGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCCTAGCGGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTG-CCTAGC-GGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88692735|gb|CI736310.1|CI736310
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88360198|gb|CI610312.1|CI610312
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88388974|gb|CI595208.1|CI595208
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88425382|gb|CI567102.1|CI567102
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|56158086|gb|C72608.2|C72608
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88300608|gb|CI587412.1|CI587412
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88398014|gb|CI585517.1|CI585517
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88724710|gb|CI747969.1|CI747969
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGAGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88728882|gb|CI752392.1|CI752392
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88393823|gb|CI621318.1|CI621318
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|58600258|gb|CK010786.1|CK010786
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGTTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88695504|gb|CI737542.1|CI737542
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88388874|gb|CI592762.1|CI592762
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGGATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88390763|gb|CI610989.1|CI610989
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88372233|gb|CI619563.1|CI619563
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|4880550|gb|AU064849.1|AU064849
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88696367|gb|CI739942.1|CI739942
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88354348|gb|CI624738.1|CI624738
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88721933|gb|CI743445.1|CI743445
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88370957|gb|CI595069.1|CI595069
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88421393|gb|CI569238.1|CI569238
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTANTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88424448|gb|CI608034.1|CI608034
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88571245|gb|CI662618.1|CI662618
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|4879156|gb|AU063455.1|AU063455
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88724437|gb|CI747696.1|CI747696
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGAGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|33685463|gb|CF313702.1|CF313702
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGG
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGG
EST: gi|88424498|gb|CI608084.1|CI608084
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|27553947|gb|CA997847.1|CA997847
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88300718|gb|CI589710.1|CI589710
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|32947868|gb|BP184440.1|BP184440
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88726581|gb|CI750236.1|CI750236
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCCTCGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88740039|gb|CI763547.1|CI763547
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|58658595|gb|CK047275.1|CK047275
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGTTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|428929|gb|D25085.1|D25085
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88692197|gb|CI735772.1|CI735772
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88730308|gb|CI753922.1|CI753922
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88348501|gb|CI629990.1|CI629990
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|568321|gb|D39165.1|D39165
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88390958|gb|CI592866.1|CI592866
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|38565671|gb|CK085124.1|CK085124
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCTTTGGAATNGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
EST: gi|88347145|gb|CI631225.1|CI631225
EST:     CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTG                         GTGTATATGAAGCCTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA
genomic: CTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtt ... tacactatagGTGTATATGAAGCTTTGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGATATTTGCTGCTCGGATGGAACATTTGCGAGGGCTGCTGTGCCTAGCGGTGCATCTACTGgtgagttgtttgtttatcagcaacttcttttccctactgtggttctagccttgatgcatctggttaattgaaccaacttagtttttgatagtccttttcagcttatatcaactatatggaaagcttcgggtgacaattttattagttagaaagtgaactgatgctattttctgctacactatag

- - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT