Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTCCCTCGTTGGAGGGTATGAAGCATGTTAAGTCAGAGAGCAGTGTCATACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtctttgatttccatattcagatcagtagcttggttccttttttaatttgtatttactatgtttagttcagtactgcggtggagcagtaaatgg...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g40890.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g40890.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G060870_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
ACTCCCTCGTTGGAGGGTATGAAGCATGTTAAGTCAGAGAGCAGTGTCATACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtctttgatttccatattcagatcagtagcttggttccttttttaatttgtat---ttact--atgtttagttcagtactgcggtggagcagtaaatgg
|| ||||| ||||| || ||||||||||| ||| |||||| | | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    ||   |  |  |   | |         |||  || |   |     ||  |   |||||  |  | |  ||  ||||   | |  || |||      
ACCCCCTCTTTGGAAGGGATGAAGCATGTGAAGGCAGAGAACGGAGTCATTCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatttgcttcactgtcagctgtatgaggttttgaatcttaagtaggagtggctgcattacttaacctctgatttggtaccatgcttcagtagtg-----

upper sequence: LOC_Os02g40890.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G125556_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
ACTCCCTCGTTGGAGGGTATGAAGCATGTTAAGTCAGAGAGCAGTGTCATACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtctttgatttccatattcagatca-gtagcttggttccttttttaatttgtatttactatgtttagttca-gtactgcggtggagcagtaaatgg
|| ||||| ||||| |  ||||||||||| ||| |||||| | | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||  | ||   |||  | |  |   || |  | || |    |||    |   |||  | |  |  ||| |    | |  |       ||  ||  |  
ACCCCCTCTTTGGAAGCGATGAAGCATGTCAAGGCAGAGAACGGAGTCATTCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATATTGCCTGTCCTCGgtaact--catttgcttcgctgtcaactgcatgaggttttgaaattttgagtagcagtagctgcattacttaatctgtgaatcggtaccatgctttagttca
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88728115|gb|CI751625.1|CI751625
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|88313720|gb|CI597351.1|CI597351
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|88315500|gb|CI615372.1|CI615372
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGGACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|33662438|gb|CF293405.1|CF293405
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|88312983|gb|CI592267.1|CI592267
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|66914261|gb|CX101109.1|CX101109
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|88423687|gb|CI617039.1|CI617039
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|33807484|gb|CF329619.1|CF329619
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|2429002|gb|C73465.1|C73465
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|88347065|gb|CI631145.1|CI631145
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|396941507|gb|HO188716.1|HO188716
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|58680738|gb|CK069425.1|CK069425
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|33657911|gb|CF280525.1|CF280525
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|88345773|gb|CI631041.1|CI631041
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAACTTTGGAGCTGCCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAAT
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGC-TATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAAT
EST: gi|88350631|gb|CI631354.1|CI631354
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCCAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|88353482|gb|CI631667.1|CI631667
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|396941616|gb|HO188273.1|HO188273
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACTTTGGGGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|88719529|gb|CI743039.1|CI743039
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|88343436|gb|CI621804.1|CI621804
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGGTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|88692204|gb|CI735779.1|CI735779
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|86596781|gb|CI286694.1|CI286694
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|88396738|gb|CI620071.1|CI620071
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|88347123|gb|CI631203.1|CI631203
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
EST: gi|88720933|gb|CI744232.1|CI744232
EST:     ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA
genomic: ACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtct ... tgtattccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTGAAGAGTGACATTGGTGGTAATA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ACTCCCTCGTTGGAGGGTATGAAGCATGTTAAGTCAGAGAGCAGTGTCATACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtctttgatttccatattcagatcagtagcttggttccttttttaatttgtatttactatgtttagttcagtactgcggtggagcagtaaatgg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA